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分析方法论

标准化实验流程与生物信息分析指南 — 每张卡片左侧显示步骤数徽章

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核酸提取

柱提法病毒核酸纯化——离心柱硅胶膜高效结合与洗脱

原理硅胶膜离心柱提法是Boom等人1990年建立的经典核酸纯化方法。病毒样本经含胍盐的裂解液处理后,核酸在高盐条件下与硅胶膜上的SiO₂基团形成氢键吸附。经两次含乙醇洗涤去除蛋白和盐分后,用低离子强度洗脱液(水或TE)破坏氢键,释放纯化核酸...
试剂盒: QIAamp Viral RNA Mini Kit · 样本: 血清/血浆/咽拭子VTM液 · ~~30 min/12样本
核酸提取

Trizol法总RNA提取——病毒RNA分离金标准

原理Trizol法基于Chomczynski和Sacchi 1987年建立的酸性酚-氯仿一步抽提原理。Trizol试剂含异硫氰酸胍(强蛋白变性剂)和酸性酚。加入氯仿后分相:RNA因磷酸骨架在酸性条件下保持负电荷留在上层水相,DNA和蛋白分别...
试剂盒: TRIzol Reagent · 样本: 细胞培养上清/组织匀浆 · ~~60 min/12样本
核酸提取

KingFisher自动化核酸提取——磁珠法高通量病毒核酸制备

原理KingFisher自动化提取平台采用磁棒法而非磁板法——磁棒套内置磁芯插入反应孔吸附磁珠,转移至下一孔位后退磁释放磁珠。这一设计避免了磁板法中孔底磁珠难以重悬的问题,且全程无液体管路,消除样本间交叉污染风险。配合商业化预装裂解-结合-...
试剂盒: MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit · 样本: 咽拭子VTM液/唾液/血清 · ~~35 min/24-96样本(自动化)
系统发育分析

最大似然法系统发育树构建——IQ-TREE 完整流程

原理最大似然法(ML)是病毒溯源中最核心的系统发育推断方法。核心逻辑是在给定序列比对和进化模型的前提下,搜索使观测数据出现概率最大的树拓扑。与传统邻接法相比,ML对多重替代的统计校正更充分,不易受长枝吸引效应影响。在SARS-CoV-2早期...
试剂盒: 不适用 · 样本: FASTA 序列比对文件 · ~~30 min–24 h