分析方法论

原理10x Chromium微流控以约65%的单细胞捕获率将细胞和凝胶珠封装入GEM（Gel Bead-in-Emulsion）。每个凝胶珠携带约750000条含相同10x Cell Barcode+UMI的引物。GEM内裂解细胞后反转录，...

原理MiSeq基于桥式PCR扩增和可逆终止子边合成边测序（SBS）。文库分子经NaOH变性为单链后注入流动槽（Flow Cell），单链分子的P5/P7接头与槽面寡核苷酸互补杂交，经桥式PCR形成单分子克隆簇。SBS每循环掺入荧光标记dNT...

原理Nanopore测序核心是嵌入高分子膜的纳米孔蛋白（CsgG突变体）。当单链DNA在驱动蛋白（Motor Protein）作用下匀速穿过纳米孔时，不同碱基组合引起特征性的离子电流变化，由膜两侧的Ag/AgCl电极实时记录。电流信号经神经...

原理Nextera XT转座酶建库的核心是Tagmentation——转座酶Tn5包裹两段含适配子序列的DNA寡核苷酸，在Mg²⁺存在下随机切割DNA并同时将接头序列共价连接到断点两端。这一"切+连"二合一反应将传统建库的机械打断+末端修复...

原理静脉血采集与血清分离是病毒血清学溯源调查中的标准前处理步骤。血清不同于血浆——前者是血液凝固后析出的上清，不含纤维蛋白原和抗凝剂，避免了抗凝剂对ELISA和中和实验的干扰。促凝管（SST）内含硅颗粒和凝胶，加速凝血过程并形成凝胶屏障隔离...

原理污水流行病学（WBE）通过检测城市污水中的病毒核酸，无需个体采样即可评估社区感染趋势。但病毒在污水中的浓度极低（通常1-10^3 copies/L），必须先行浓缩富集。PEG沉淀法利用聚乙二醇8000的高亲水性，竞争性剥夺病毒颗粒表面的...

原理磁珠法核酸提取的核心是硅羟基修饰的磁性纳米颗粒在离液盐（胍盐）条件下特异性结合核酸。病毒样本经裂解液（含高浓度胍盐+蛋白酶K）处理后，释放的核酸在高盐条件下与磁珠表面硅羟基形成氢键吸附。外加磁场固定磁珠，弃上清后经洗涤去除蛋白和盐，最后...

原理硅胶膜离心柱提法是Boom等人1990年建立的经典核酸纯化方法。病毒样本经含胍盐的裂解液处理后，核酸在高盐条件下与硅胶膜上的SiO₂基团形成氢键吸附。经两次含乙醇洗涤去除蛋白和盐分后，用低离子强度洗脱液（水或TE）破坏氢键，释放纯化核酸...

原理Trizol法基于Chomczynski和Sacchi 1987年建立的酸性酚-氯仿一步抽提原理。Trizol试剂含异硫氰酸胍（强蛋白变性剂）和酸性酚。加入氯仿后分相：RNA因磷酸骨架在酸性条件下保持负电荷留在上层水相，DNA和蛋白分别...

原理KingFisher自动化提取平台采用磁棒法而非磁板法——磁棒套内置磁芯插入反应孔吸附磁珠，转移至下一孔位后退磁释放磁珠。这一设计避免了磁板法中孔底磁珠难以重悬的问题，且全程无液体管路，消除样本间交叉污染风险。配合商业化预装裂解-结合-...

原理最大似然法（ML）是病毒溯源中最核心的系统发育推断方法。核心逻辑是在给定序列比对和进化模型的前提下，搜索使观测数据出现概率最大的树拓扑。与传统邻接法相比，ML对多重替代的统计校正更充分，不易受长枝吸引效应影响。在SARS-CoV-2早期...