基因组词典

遗传漂变遗传漂变指等位基因频率因随机抽样而在有限群体中发生的无方向性波动。R.A. Fisher 在1922年的《On the dominance ratio》中首次对这一随机过程进行了数学分析。Sewall Wright 随后在1931年...

概述连锁不平衡描述群体中不同基因座上等位基因的非随机关联现象，即两个位点的等位基因组合频率显著偏离随机期望值。这个概念由 Lewontin 和 Kojima 于 1960 年在研究复合多态性的演化动力学时首次系统阐述。1964 年 Lewo...

净化选择（又称负选择）指有害等位基因因降低适合度而被自然选择系统性剔除的过程。达尔文在《物种起源》中已勾勒其逻辑，分子层面的定量框架由木村资生于1968年通过中性理论确立：绝大多数新突变有害，在固定前即被清除。在病毒进化中，净化选择是功能保...

正向选择正向选择指自然选择驱动有益突变在种群中扩散的过程。携带适应性优势的氨基酸替换频率升高，最终固定。1986年Nei和Gojobori建立dN/dS方法推断选择压力。dN/dS>1成为经典标志。1991年McDonald和Kreitma...

奠基者效应奠基者效应指少数个体从大群体迁出并建立新群体时，新群体遗传多样性远低于源群体的现象。Ernst Mayr 于1942年在《Systematics and the Origin of Species》中把这个原理系统表述为"奠基者原...

溯祖理论溯祖理论提供了一种从现有基因样本反向重建祖先谱系的概率框架，是系统发育树推断的核心统计引擎之一。1982年，英国数学家 J.F.C. Kingman 正式提出 n-溯祖过程，将复杂的种群遗传系谱关系纳入一个简洁的连续时间马尔可夫链模...

dN/dS 比值dN/dS 比值是衡量蛋白质编码基因所受选择压力的核心参数，度量非同义替换率与同义替换率的相对大小。这一框架由 Miyata 和 Yasunaga 于 1980 年建立，他们首次将核苷酸替换区分为 KA（非同义）与...

免疫逃逸病原体在宿主免疫选择压力下，通过表面抗原的氨基酸替换或表位缺失，削弱抗体中和与T细胞识别能力，从而维持持续感染的进化现象。该概念源于1940年代Burnet对流感病毒抗原变异的观察。1990年Pircher等在LCMV模型中首次实验...

抗原原罪说的是一个反直觉的免疫现象：当一个人先后接触过两种抗原性相近但又不完全相同的病毒毒株时，他的免疫系统倾向于优先复用第一次感染或接种时建立的抗体和记忆细胞：哪怕这些"旧工具"对付新毒株的效率已经打了折扣。这个词是1...

一个人第一次被某种病毒感染：或者第一次接种某种疫苗：之后，免疫系统会对这次"初次见面"留下深刻的记忆。以后再碰到这个病毒的亲戚（变异株），免疫系统倾向于调用第一次存下来的抗体和记忆B细胞去应对，而不是"从零开始...

不同病毒谱系在相似的选择压力下，独立选中同一个氨基酸位点，发生相同方向的突变：这种现象就叫趋同进化。在SARS-CoV-2流行期间，N501Y突变先后在Alpha、Beta、Gamma和Omicron中独立出现，成了教科书级别的案例。同样的...

基因重配是指分节段RNA病毒在共同感染同一宿主细胞时，不同亲本病毒的基因组片段发生重新组合，产生携带双亲片段子代的过程。与经典重组（发生在同一基因组内部）不同，重配涉及整个片段的交换。重配是流感病毒进化的主要驱动力。流感病毒基因组由8个负链...

重组是指两个或多个亲本病毒在共同感染同一宿主细胞时，其基因组发生断裂和重新连接，产生携带双亲遗传物质子代的过程。与点突变逐个改变核苷酸不同，重组可以在一次事件中引入大片段遗传变异，是病毒进化的重要驱动力。重组在RNA病毒中尤为常见。冠状病毒...

病毒溢出是指病毒从自然宿主跨越物种屏障感染新宿主的跨物种传播事件。溢出的核心条件是病毒获得在新宿主细胞中复制的能力，通常需要受体结合蛋白发生关键突变以适应新宿主的细胞受体。经典溢出事件包括：HIV-1从黑猩猩溢出至人类（1920年代刚果）、...

续发率衡量传染病在密切接触者中的传播效率，定义为原发病例引入感染后，在其最长潜伏期内易感接触者中发生继发病例的比例。该指标最早用于家庭内传播研究，后扩展至学校、医院等封闭环境。2003年SARS疫情期间，续发率成为区分超级传播事件与常规传播...

Kary Mullis在1983年驾车途中构思了PCR原理，1993年因此获诺贝尔化学奖。PCR推广前病毒诊断主要依赖培养（需数天至数周）和血清学（需感染后数天产生的抗体）——这些方法在时效和灵敏度上远不能满足新发传染病快速应对的需求。CO...

ORF是病毒基因组注释的核心概念。SARS-CoV-2最引人注目的ORF之一是ORF8——该基因在不同SARS相关冠状病毒间高度变异，SARS-CoV-2的ORF8与蝙蝠冠状病毒RaTG13仅有约30%氨基酸同源性。ORF8能下调MHC-I...

丹麦遗传学家Wilhelm Johannsen于1909年首次区分"基因型"和"表型"，建立了现代遗传学的核心概念框架。病毒基因型的研究始于1980年代分子流行病学的兴起——奥村元子（Okamoto, 1992）首次建立了HBV S基因序列...

蛋白质结构域的概念在1970年代伴随X射线晶体学的成熟而确立——1973年Anfinsen因"蛋白质氨基酸序列决定其三维结构"获诺贝尔化学奖，奠定了结构域作为序列-结构-功能基本单位的理论基础。SARS-CoV-2 S蛋白被解析为四个结构域...

宿主跳跃是病毒溯源研究的终极问题。SARS-CoV-2的宿主跳跃路径至今是科学界辩论最激烈的问题——从马蹄蝠到人类中间是否存在穿山甲或其它中间宿主？RaTG13与SARS-CoV-2的受体结合域的六个关键ACE2结合残基中仅一个相同——这意...