病原体基因谱系数据库 — 覆盖新冠病毒及其他重要病原体的变异株档案
新冠病毒（SARS-CoV-2）变异株谱系档案，包含Pango、Nextstrain命名，WHO关注级别（VOC/VOI/VUM），RBD突变数等关键信息。
| Pango谱系 | Nextstrain | 别名 | 级别 | 首次检出 | RBD突变数 | 全球序列数 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BJ.1（BA.2.10.1.1） | 21L（BA.2 大支） | Argus | VUM | 印度（西孟加拉邦） / 2022-07-02（最早序列采样） | 22 | 118（WHO/GISAID，截至2022-10-24） | |
| C.1.2 | 20D | VUM | 南非 / 2021年5月 | 4 | 177（截至2021年9月22日，GISAID） | ||
| XBB.1 | 22F | Hippogryph | VUM | 新加坡 / 2022-09-06 | 22 | 129 | |
| AY.4.2 | 21J (Delta) | Delta Plus | VUM | 英国 / 2021年7月 | 2 | 48000+（截至2021-11-23，GISAID） | |
| FL.1.5 | 23D | Fornax | VUM | 美国、英国 / 2023年4月 | 23 | 11987（GISAID 开放子集，FL.1.5* 全家族，截至 2026-08-22） | |
| B.1.525 | 21D | Eta | 前VOI | 英国/尼日利亚 / 2020年12月 | 1 | 7129 | |
| XBB.2.3 | 23E | Acrux | VUM | 印度 / 2022年12月 | 10 | 超过31,000条（XBB.2.3*含子谱系，全球GISAID累计提交，截至2023年11月，WHO数据） | |
| P.3 | 21E | Theta | 前VOI | 菲律宾 / 2021年1月8日 | 2 | 约620 | |
| P.2（B.1.1.28.2） | 20B/S.484K | Zeta | 前VOI | 巴西里约热内卢 / 2020年7月 | 1 | 约5,566 | |
| KP.1.1 | 24B | FLiRT | VUM | 美国 / 2023年12月 | 29 | 约15,000 |
流感病毒、埃博拉病毒、猴痘病毒等其他病原体的谱系档案，包含病毒名称、谱系别名、亲本谱系、首次检出地区/时间、全球序列数等信息。
| 谱系/分支 | 病毒名称 | 别名 | 亲本谱系 | 首次检出 | 全球序列数 | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 人类免疫缺陷病毒 HIV-1 B亚型 | 人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1） | B亚型 | HIV-1 M组 | 法国巴黎 / 1983年5月 | 327145条 | |
| 寨卡病毒 African lineage | 寨卡病毒 | African lineage | 寨卡病毒祖先谱系（与Asian lineage的共同祖先） | 乌干达恩德培附近Ziika森林 / 1947年4月 | 7条 | |
| 登革病毒 DENV-4 Genotype I | 登革病毒 | Genotype I | DENV-4（登革病毒4型） | 菲律宾 / 1956年 | 302条 | |
| 基孔肯雅病毒 Asian lineage | 基孔肯雅病毒 | Asian lineage | 非洲来源的祖先谱系（约70至90年前传入亚洲） | 泰国曼谷 / 1958年 | 49条 | |
| 登革病毒 DENV-1 Genotype V | 登革病毒 | Genotype V | 登革病毒 1 型（DENV-1） | 美洲加勒比地区 / 1977 | 739条 | |
| 流感病毒 H9N2 G1谱系 | 流感病毒 | G1谱系 | 欧亚禽源H9N2谱系（h9.4支系） | 中国香港 / 1997年 | 70157条（GenBank H9N2相关核苷酸记录，检索于2026-08-18） | |
| 丙型肝炎病毒 Genotype 1b | 丙型肝炎病毒 | Genotype 1b | 丙型肝炎病毒基因1型（Genotype 1） | 日本 / 1990年 | 23981条 | |
| 乙型肝炎病毒 Genotype D | 乙型肝炎病毒 | Genotype D | HBV祖先谱系 | 中东/北非地区 / 1988年10月 | 14501条 | |
| 奥罗普切病毒 BR-2015-2024 | 奥罗普切病毒 | BR-2015-2024 | M段源自OROVBR-2009-2018，L/S段源自OROVPE/CO/EC-2008-2021 | 巴西，亚马孙州 / 2015年 | 2970条 | |
| 乙型脑炎病毒 Genotype I | 乙型脑炎病毒 | Genotype I | 基因型II（GII） | 柬埔寨 / 1967年 | 约1400条 |
