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溯源案例研究

经典溯源案例完整复盘 — 每个案例含图文卡片、时间轴、证据链

猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)
猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)2016-2017流行病学调查、全基因组测序、蝙蝠粪便宏基因组、重组分析

SADS-CoV 猪急性腹泻综合征冠状病毒溯源

案例背景2016年10月,中国广东省清远市一家大型养猪场暴发新生仔猪急性严重腹泻——出生2-6天的仔猪在数小时内出现剧烈水样腹泻和呕吐,病死率接近100%。最初怀疑为流行性腹泻病毒(PEDV)或猪德尔塔冠状病毒(PDCoV),但常规RT-PCR均为阴性。华南农业大学和农科院联合团队通过宏基因组测序发...
序列数: 约20条(2016-2017猪源);>20条(蝙蝠HKU2相关株)报告: 2016年10月–2017年5月
发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)
发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)2009-至今流行病学调查、宏基因组测序、蜱虫生态学调查、血清学回溯

SFTS 发热伴血小板减少综合征溯源

案例背景2009年3-7月,中国湖北和河南的丘陵山区暴发一种不明原因的发热-血小板减少-多器官功能障碍综合征——早期病死率约10-30%。报告病例多为从事农业、林业和山野作业的农民,有蜱虫叮咬史。中国CDC于2010年从患者血液中分离出一种新型布尼亚病毒——命名SFTSV。这是中国在21世纪第一个完...
序列数: >500条(中日韩)报告: 2009年3月–2024年(中国、日本、韩国持续散发)
淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)
淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)1933-至今流行病学调查、系统发育分析、血清学监测、家鼠种群调查

LCMV 淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒溯源

案例背景淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)占据免疫学史上的特殊位置——它是最早发现的人类沙粒病毒(1933年,早于拉沙热36年),也是免疫学的"模式病原"。Peter Medawar和Frank Burnet因"获得性免疫耐受"理论获得1960年诺贝尔奖——该理论的核心实验正是LCMV在小鼠中的...
序列数: 约100条(全球)报告: 1933年–2024年(全球散发)
博尔纳病病毒1(BoDV-1)
博尔纳病病毒1(BoDV-1)1885-至今流行病学调查、系统发育分析、血清学监测、动物模型

博尔纳病毒溯源:人畜共患病毒的精神医学线索

案例背景1885年,德国萨克森州博尔纳镇(Borna)的马匹暴发一种致命性脑脊髓炎——"博尔纳病"由此命名。病因长期不明——直到1980年代确认病原为一种非分段负链RNA病毒:博尔纳病病毒(Borna disease virus, BoDV-1)。BoDV-1以神经嗜性著称——在边缘系统、海马和基底...
序列数: 约100条(全球)报告: 1885年–2024年
狂犬病毒(RABV)
狂犬病毒(RABV)远古-至今系统发育地理学分析、分子钟推算、历史文献考古、血清学监测

狂犬病毒全球溯源

案例背景狂犬病是人类已知最古老的病毒性人畜共患病——古巴比伦《埃什努纳法典》(约公元前2300年)已记载:"一条发疯的狗咬了人,并致其死亡,狗的主人须支付40银币"。狂犬病毒是一种弹状病毒,一旦出现临床症状,死亡率近乎100%——是人类已知致死率最高的感染病。全球每年约5.9万人死于狂犬病,>99%...
序列数: >5000条(全球)报告: 前23世纪–2024年(持续)
诺如病毒(NoV)GII.4
诺如病毒(NoV)GII.41968-至今系统发育分析、分子钟推算、全球监测网络分析、流行病学调查

诺如病毒全球流行溯源

案例背景诺如病毒是全球急性胃肠炎的首要病原——每年约6.85亿例感染,儿童中约2亿例,死亡约20万例(主要在发展中国家),全球经济损失约600亿美元/年。1968年美国俄亥俄州诺沃克镇一所小学暴发急性胃肠炎——Albert Kapikian从患儿粪便中通过免疫电镜发现了病毒颗粒,"诺如病毒"由此得名...
序列数: >10000条(全球)报告: 1968年–2024年(持续全球地方性循环)
人轮状病毒A组(RVA)
人轮状病毒A组(RVA)1973-至今系统发育分析、血清型全球分布监测、疫苗有效性研究

轮状病毒全球溯源与疫苗

案例背景轮状病毒是全球婴幼儿重症腹泻的首要病原——疫苗前时代每年约52.7万5岁以下儿童死亡(主要集中在南亚和撒哈拉以南非洲)。1973年澳大利亚Ruth Bishop团队通过十二指肠活检的电子显微镜首次识别轮状病毒颗粒。病毒的外壳形似车轮(rota在拉丁文中意为"车轮"),因此得名。溯源核心难题:...
序列数: >5000条(全球)报告: 1973年–2024年(全球地方性流行)
戊型肝炎病毒(HEV)基因型1-4
戊型肝炎病毒(HEV)基因型1-41955-至今系统发育分析、血清流行病学调查、实验感染研究

戊型肝炎病毒全球溯源

案例背景1955年12月,印度新德里暴发大规模急性黄疸型肝炎——累计>2.9万例。最初被认定为甲型肝炎暴发,但1978-1980年Khuroo和Wong等分别对1978年克什米尔HEV暴发和1955年新德里存档血清的回顾性检测发现——患者抗HAV IgM均为阴性,确认了新型"非甲非乙"肠道传播肝炎。...
序列数: >2000条(四种基因型)报告: 1955年–2024年
辛诺柏病毒(SNV)
辛诺柏病毒(SNV)1993流行病学调查、RT-PCR、鹿鼠血清学调查、生态学变量监测

汉坦病毒溯源:1993年美国四角地

案例背景1993年5月,美国新墨西哥州四角地(Four Corners)——纳瓦霍保留地——一名19岁男性运动员在数小时内从"流感样"症状进展至急性呼吸窘迫综合征(ARDS)并死亡。至8月共报告24例类似病例(CFR约50%)。起初病因完全不明——美国CDC、新墨西哥州卫生部和印第安人卫生服务署紧急...
序列数: 约100条(1993年四角地);>100条(其他汉坦病毒)报告: 1993年5月–1993年12月
甲型H3N2流感病毒(A/H3N2)
甲型H3N2流感病毒(A/H3N2)1968流行病学调查、全基因组系统发育分析、抗原分析、血清考古学

1968年 H3N2 香港流感大流行溯源

案例背景1968年7月,香港暴发异常规模的流感样病例聚集。香港流感参考中心从患者样本中分离出一种新型甲型流感病毒——H3N2。这是20世纪第三次流感大流行(1957年"亚洲流感"H2N2之后仅11年)。疫情在4个月内席卷全球,全球累计死亡约100万人(多模式估计:50万-200万)。与前两次大流行(...
序列数: >5000条(全球H3N2)报告: 1968年7月–1969年12月
西尼罗病毒(WNV)
西尼罗病毒(WNV)1999流行病学调查、全基因组系统发育分析、鸟类死亡监测、蚊媒监测

西尼罗病毒北美溯源:1999年纽约

案例背景1999年8月,美国纽约皇后区报告多例不明原因脑炎住院病例——患者多为老年人,表现为发热、意识障碍、肌无力。同期,布朗克斯动物园和纽约市多只乌鸦(Corvus brachyrhynchos)不明原因死亡。纽约市卫生局初步怀疑圣路易斯脑炎(美国本土虫媒病毒)。至9月CDC通过病毒分离确认病原为...
序列数: >100条(1999美国株);>500条(全球)报告: 1999年8月–1999年10月
裂谷热病毒(RVFV)
裂谷热病毒(RVFV)1930-至今流行病学调查、遥感生态学分析、血清学监测、病毒分离

裂谷热东非溯源

案例背景裂谷热(Rift Valley fever)是非洲最严重的蚊媒人畜共患病之一——1930年在肯尼亚大裂谷地区首次从流产绵羊中分离出RVFV。该病毒主要感染牲畜(绵羊、山羊、牛),造成流产风暴和新生畜高死亡率。人类感染主要通过接触染疫动物血液/组织或蚊虫叮咬,重症可进展为出血热、脑炎或视网膜病...
序列数: <100条(人类);<200条(牲畜/蚊媒)报告: 1930年–2007年(数次重大暴发)
克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)
克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)1944-至今流行病学调查、系统发育分析、蜱虫生态学监测、血清学回溯

克里米亚-刚果出血热溯源

案例背景克里米亚-刚果出血热(CCHF)是全球分布范围最广的蜱传病毒性出血热——从东欧、中东、中亚到非洲和中国新疆都有暴发记录。1944年在克里米亚半岛的苏联士兵中首次识别(称为"克里米亚出血热"),1967年确认病原与1956年刚果分离株为同一种病毒——命名为克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)...
序列数: >200条(全球)报告: 1944年–2024年(散发和季节性暴发持续)
黄热病毒(YFV)
黄热病毒(YFV)2015-2016流行病学调查、系统发育分析、疫苗覆盖率分析、蚊媒监测

黄热病安哥拉疫情溯源:2015-2016年

案例背景2015年12月,安哥拉首都罗安达Viana区报告一例发热-黄疸-出血综合征死亡病例——经确认病原为黄热病毒。这是安哥拉自1988年以来首次大规模黄热暴发,也是黄热病数十年历史中首次在非洲超大城市(罗安达人口>700万)的密集城区暴发。疫情在2016年达峰值,共报告4306例疑似病例,376...
序列数: 约50条(2015-2016安哥拉株)报告: 2015年12月–2016年12月
猴痘病毒(MPXV)Clade IIb
猴痘病毒(MPXV)Clade IIb2017-至今流行病学调查、全基因组系统发育分析、啮齿动物采样、血清学回溯

猴痘病毒尼日利亚溯源:2017年

案例背景2017年9月,尼日利亚疾控中心(NCDC)接到通知:巴耶尔萨州一名11岁男童出现全身水疱脓疱疹、发热、淋巴结肿大——这是尼日利亚自1978年以来首次确认猴痘病例。值得注意的是,尼日利亚在天花根除(1980年)后就停止了大规模天花疫苗接种——1980年后出生人口对正痘病毒完全易感。2017-...
序列数: >500条(全球2022-2023);>50条(2017-2018尼日利亚)报告: 2017年9月–至今(持续流行)
严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)
严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)2019-2020流行病学调查、全基因组系统发育分析、宏基因组测序、环境采样

SARS-CoV-2 早期溯源:2019-2020年

案例背景2019年12月,中国武汉出现不明原因病毒性肺炎聚集性病例,多数与华南海鲜批发市场有直接或间接关联。2020年1月7日中国CDC确认病原为一种新型冠状病毒,1月30日WHO宣布PHEIC,3月11日定性为大流行。截至2024年全球累计确诊>7.7亿例,死亡>700万例——是1918年西班牙流...
序列数: >1500万条(全球);>100条(早期武汉株);>50条(蝙蝠RaTG13等同源株)报告: 2019年12月–2020年3月(大流行)
甲型H7N9禽流感病毒(A/H7N9)
甲型H7N9禽流感病毒(A/H7N9)2013-至今流行病学调查、全基因组系统发育分析、活禽市场监测、猪血清学调查

H7N9 禽流感溯源:2013年中国

案例背景2013年2-3月,中国上海、安徽和浙江相继报告不明原因重症肺炎病例——患者多为老年人,有活禽接触史。3月31日中国疾控中心确认病原为一种新型重配H7N9禽流感病毒。这是人类历史上首次记录到H7亚型禽流感病毒(此前仅散发结膜炎的人感染H7报告)导致严重下呼吸道感染和高致死率。截至2023年,...
序列数: >1500条(人类和禽类)报告: 2013年2月–2013年5月(第一波)
基孔肯雅病毒(CHIKV)
基孔肯雅病毒(CHIKV)2005-2006流行病学调查、全基因组系统发育分析、蚊媒感染实验

基孔肯雅热印度洋溯源:2005-2006年

案例背景2005年2月,科摩罗群岛报告基孔肯雅热暴发——这是印度洋地区首次记录到大规模流行。随后疫情沿贸易和旅游路线扩散至留尼汪岛、毛里求斯、塞舌尔,峰值在留尼汪岛感染率高达全岛人口的34%(约26.6万人)。2006年疫情传入印度(>140万例),2007年传入意大利(本地传播首例欧洲报告)。溯源...
序列数: >200条(印度洋谱系)报告: 2005年2月–2006年12月
登革病毒(DENV)1-4型
登革病毒(DENV)1-4型1940年代-至今系统发育地理学分析、分子钟推算、历史档案回溯、血清学监测

登革热全球扩散溯源

案例背景登革热是全球传播最广的虫媒病毒病——每年约3.9亿感染(9600万有症状),128个国家有本地传播,约40亿人生活在风险区。四种血清型(DENV-1至4)均可引起从自限性发热到致死性登革休克综合征的广谱临床表现。登革的全球扩散是第二次世界大战、城市化、全球化贸易的"无意杰作"。溯源核心难题:...
序列数: >10000条(四种血清型)报告: 约1940年–2024年(持续流行)
拉沙病毒(LASV)
拉沙病毒(LASV)1969流行病学调查、病毒分离、啮齿动物生态学调查、系统发育分析

拉沙热溯源:1969年尼日利亚

案例背景1969年1月,尼日利亚东北部拉萨镇(Lassa)的一名美国传教士护士Laura Wine出现发热、咽痛和进行性出血症状,转运至乔斯医院后死亡。两周后,护理她的两名护士相继发病,其中一人死亡。耶鲁大学Arborvirus研究部从死亡护士的血液中分离出一种新型沙粒病毒,以拉萨镇命名为拉沙病毒(...
序列数: >100条(人类);>200条(啮齿动物)报告: 1969年1月–1969年3月