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溯源案例研究

经典溯源案例完整复盘 — 每个案例含图文卡片、时间轴、证据链

扎伊尔型埃博拉病毒（Zaire ebolavirus，EBOV）

扎伊尔型埃博拉病毒（Zaire ebolavirus，EBOV）1995现场流行病学调查（接触者追踪、病例对照分析）；血清学调查；病毒分离与RT-PCR检测；GP基因测序与序列比对；宿主动物调查

1995年刚果（金）基奎特埃博拉疫情溯源：医院超级传播链与指数病例木炭工的流行病学证据链

一、案例背景1995年1月，扎伊尔（今刚果民主共和国）班顿杜省基奎特市出现埃博拉出血热疫情。基奎特是个人口约40万的城市，位于金沙萨以东约400公里。病原是扎伊尔型埃博拉病毒（Zaire ebolavirus，EBOV），1976年亚姆布库疫情的元凶也是它。疫情前后持续约7个月，最终记录315例病例...

序列数: 9条（患者GP片段）；2条（全基因组）；1条（GP全长）报告: 1995年1月–1995年7月

丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus，HCV），基因型4a为主

丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus，HCV），基因型4a为主1930–1955血清学横断面调查、回顾性队列研究、贝叶斯溯祖分析、系统地理学分析、传播动力学建模

埃及丙型肝炎流行溯源：抗血吸虫病注射治疗与医源性传播的分子证据链

一、案例背景埃及曾长期是全球丙型肝炎负担最重的国家，规模没有第二家能比。2008 年埃及人口与健康调查显示，15–59 岁成年人抗体阳性率 14.7%。慢性感染（RNA 阳性）9.8%。美国同期阳性率只有埃及的十分之一到二十分之一。尼罗河三角洲部分村庄的阳性率还要高得多。麻烦在于时间。这个病毒 19...

序列数: 122条报告: 2000年3月–2003年3月

猴痘病毒（Monkeypox virus，西非分支）

猴痘病毒（Monkeypox virus，西非分支）2003流行病学溯源调查（动物回溯追踪）、电子显微镜形态学鉴定、PCR与基因测序、系统发育分析、病毒分离与血清学

2003年美国猴痘暴发溯源：冈比亚巨鼠、草原犬鼠与宠物贸易的跨洋传播证据链

一、案例背景2003年5月到6月，美国中西部六个州接连出现发热伴丘疱疹的病人。绝大多数病人都有宠物草原犬鼠（Cynomys属）的接触史。这是猴痘病毒第一次在非洲以外引起社区暴发，也是西半球第一起人猴痘疫情。截至2003年7月8日，CDC共收到71例报告。威斯康星39例，印第安纳16例，伊利诺伊12例...

序列数: 约92条报告: 2003年5月–2003年7月

苏丹埃博拉病毒（Sudan ebolavirus，SUDV）

苏丹埃博拉病毒（Sudan ebolavirus，SUDV）1976现场流行病学调查与传播链重建、血清学调查（间接免疫荧光）、病毒分离与电镜鉴定、全基因组测序与系统发育分析

1976年苏丹埃博拉疫情溯源：Nzara棉纺织厂与Maridi医院的双中心传播链

一、案例背景1976年6月27日，苏丹南部（今南苏丹）西赤道省小镇Nzara。一名棉纺织厂仓库保管员开始发烧、头痛、胸痛。三天后他住进Nzara医院，7月6日死亡。这是人类记录的第一起埃博拉疫情的开端。到11月疫情平息，共284人发病、151人死亡，病死率53%。病例分布：Nzara 67例、Mar...

序列数: 约5条报告: 1976年6月–1976年11月

甲型流感病毒H2N2亚型（A/H2N2，亚洲流感病毒）

甲型流感病毒H2N2亚型（A/H2N2，亚洲流感病毒）1957-1958流行病学调查、血清学调查（血清考古学）、系统发育分析、基因组重配分析、分子钟测年

1957年H2N2亚洲流感大流行溯源：禽-人重配病毒与血清考古学的完整证据链

一、案例背景1957年2月，一种全新的甲型流感病毒在中国西南出现。疫情最早在贵州报告，4月传到香港、新加坡，夏天抵达美国沿海城市，秋冬完成全球扩散。这就是"亚洲流感"，病原体是H2N2亚型。它是1918年西班牙流感之后，人类经历的第一次真正的流感大流行。按美国CDC的估计，全球约110万人死亡，美国...

序列数: 约3100条报告: 1957年2月–1958年12月

扎伊尔埃博拉病毒（Zaire ebolavirus，EBOV）

扎伊尔埃博拉病毒（Zaire ebolavirus，EBOV）2021高通量测序、系统发育分析、贝叶斯分子钟分析、流行病学溯源调查

2021年几内亚埃博拉疫情复燃溯源：幸存者持续感染五年后引发新暴发的全基因组证据链

案例背景2021年2月14日，几内亚宣布暴发埃博拉疫情。地点在恩泽雷科雷大区的古埃凯（Gouécké）。这里距2013–2016年西非大流行的起点约200公里，是几内亚自2016年以来头一次出现埃博拉。到6月19日疫情宣布结束。累计23例，其中16例确诊、7例疑似，12人死亡，5名是医护人员。最可能...

序列数: 12条（人类）；1065条（人类）报告: 2021年2月–2021年6月

塔伊森林埃博拉病毒（Taï Forest ebolavirus，TAFV，旧称科特迪瓦埃博拉病毒）

塔伊森林埃博拉病毒（Taï Forest ebolavirus，TAFV，旧称科特迪瓦埃博拉病毒）1994动物尸检与组织病理、回顾性队列研究、病毒分离培养、免疫荧光与ELISA血清学、系统发育分析

1994年塔伊森林埃博拉病毒溯源：黑猩猩尸检、唯一的病人与埃博拉第四个种

1、案例背景1994年11月，科特迪瓦西南部的塔伊国家公园里，一群黑猩猩开始连续死亡。研究者已经追踪这个群体15年了。一个多月时间，43只的群体约有四分之一消失或确认死亡。11月16日，三名研究人员在野外尸检一只刚死不久的黑猩猩，有一名34岁的女动物行为学家8天后发病。埃博拉病毒沉寂15年后重回非洲...

序列数: 10条报告: 1994年10月–1995年5月

苏丹埃博拉病毒（Sudan ebolavirus, SUDV / Orthoebolavirus sudanense）

苏丹埃博拉病毒（Sudan ebolavirus, SUDV / Orthoebolavirus sudanense）2022-2023流行病学调查与接触者追踪；RT-PCR分子诊断；高通量全基因组测序（Illumina + Oxford Nanopore MinION）；贝叶斯分子钟系统发育分析；系统地理学重建与基因组-流行病学数据整合

2022年乌干达苏丹埃博拉病毒疫情溯源：穆本德金矿溢出事件与全基因组证据链

一、案例背景2022年9月20日，乌干达卫生部宣布在中部穆本德（Mubende）地区确认一例苏丹埃博拉病毒（Sudan ebolavirus, SUDV / Orthoebolavirus sudanense）感染病例。这是乌干达历史上第五次SUDV暴发，也是全球自2012年11月卢韦罗暴发以来时隔...

序列数: 约120条报告: 2022年8月–2023年1月

Nipah virus (NiV)

Nipah virus (NiV)2001-2014病例对照流行病学调查；血清学调查；系统发育分析与全基因组测序；病毒分离培养

尼帕病毒孟加拉国疫情溯源：椰枣汁、果蝠与人传人的证据链

案例背景1998年马来西亚暴发了人类历史上第一起尼帕病毒（Nipah virus, NiV）疫情，283人感染、109人死亡。猪是中间宿主。疫情靠扑杀逾百万头猪才被扑灭，此后再没有在马来西亚卷土重来。但故事没有结束。2001年4月，孟加拉国Meherpur区一个村庄出现聚集性发热伴脑炎病例，9人死亡...

序列数: 约146条（孟加拉国）；约440条（全球）报告: 2001年4月–2019年5月

A型禽流感H10N8病毒（Influenza A virus subtype H10N8）

A型禽流感H10N8病毒（Influenza A virus subtype H10N8）2013-2014流行病学调查；实时荧光RT-PCR分型；病毒分离与全基因组测序；最大似然法系统发育分析；活禽市场环境采样与鸡胚培养

2013年H10N8禽流感溯源：南昌活禽市场新型重配病毒的跨种传播

案例背景2013年12月，中国江西省南昌市报告了全球首例人感染H10N8禽流感病例。患者是一位73岁女性，有高血压和冠心病史，发病前4天曾到访当地活禽市场。入院后病情急剧恶化，出现重症肺炎、急性呼吸窘迫综合征和多器官衰竭，发病后第9天死亡。这是全球首例人感染H10N8亚型禽流感病毒。（此前H10亚型...

序列数: 3条（人类）；约10条（活禽市场H10N8）；约53条（活禽市场全部分离株）报告: 2013年12月–2014年2月

Lujo病毒（LUJV，Mammarenavirus lujoense）

Lujo病毒（LUJV，Mammarenavirus lujoense）2008无偏倚454焦磷酸测序（宏基因组病原发现）、系统发育分析、免疫组织化学检测、RT-PCR检测与病毒分离培养、流行病学接触者追踪

2008年Lujo病毒院内暴发溯源：从赞比亚到南非的新型沙粒病毒发现

一、案例背景2008年9月2日，一位36岁的女性旅行代理商在赞比亚首都卢萨卡郊外突然发病——高热、剧烈头痛、肌痛。她住在一处农业小庄园，养着马、狗和猫，家中偶尔可见睡鼠出没，马厩有明确的啮齿动物活动痕迹。9月4日她乘飞机前往南非参加婚礼，在婚礼上感到发冷。返回赞比亚后病情迅速恶化：皮疹从脚趾蔓延至面...

序列数: 7条报告: 2008年9月–2008年12月

琅琊亨尼帕病毒（Langya henipavirus, LayV）

琅琊亨尼帕病毒（Langya henipavirus, LayV）2018-2022宏基因组测序；系统发育分析；血清学调查；病毒分离培养；RT-PCR分子检测

琅琊亨尼帕病毒溯源：2022年中国哨点监测发现的新型人畜共患亨尼帕病毒

案例背景2018年12月，山东青岛一名53岁的女性农民因发热就诊。体温超过38°C，同时有头痛、乏力、咳嗽、肌肉酸痛和淋巴结肿大。常规病原体检测全部阴性。医生按"不明原因发热"收治入院，在她的咽拭子样本上做了宏基因组测序。这不是孤立事件。2018年4月到2021年8月，山东青岛和河南信阳的三个哨点医...

序列数: 约86条报告: 2018年4月–2022年8月

扎伊尔埃博拉病毒（Zaire ebolavirus）

扎伊尔埃博拉病毒（Zaire ebolavirus）1976临床流行病学调查、病毒分离与细胞培养、电子显微镜形态学鉴定、免疫荧光血清学检测、野生动物宿主筛查

1976年扎伊尔埃博拉疫情溯源：Yambuku医院注射传播链与病毒发现

案例背景1976年8月底，扎伊尔（今刚果民主共和国）北部Bumba地区赤道雨林深处的Yambuku教会医院，接诊了一位发烧的44岁男教师Mabalo Lokela。他刚从靠近中非共和国边境的埃博拉河一带旅行归来，被诊断为疟疾，在门诊注射了一针氯喹。五天后他返回医院时症状急剧恶化：剧烈头痛、肌肉撕裂痛...

序列数: 约22条报告: 1976年8月–1976年11月

马尔堡病毒（Marburg virus，MARV）安哥拉株

马尔堡病毒（Marburg virus，MARV）安哥拉株2004-2005实时定量RT-PCR检测、全基因组测序与系统发育分析、流行病学调查与接触者追踪、抗原捕获ELISA与病毒分离培养、免疫组化染色

2005年安哥拉马尔堡疫情溯源：Uíge省儿科病房超级传播事件与全基因组证据链

案例背景2005年3月21日，美国CDC确认了安哥拉北部Uíge省一系列不明原因出血热死亡病例的元凶：马尔堡病毒（Marburg virus）。这是个意外。马尔堡病毒历来只在东非活动——乌干达、肯尼亚、刚果（金）——从未在西非露过面。而Uíge距离已知的所有马尔堡疫源地超过1600公里。疫情实际上从...

序列数: 16条全基因组；11条安哥拉临床样本；5条参考分离株报告: 2004年10月–2005年7月

雷斯顿埃博拉病毒（Reston ebolavirus, RESTV）

雷斯顿埃博拉病毒（Reston ebolavirus, RESTV）1989-1990、1992-1993、1996、2008-2009、2015病毒分离与培养、电子显微镜形态学鉴定、抗原捕获ELISA与免疫组化、间接免疫荧光抗体检测（IFAT）、RT-PCR与全基因组测序、系统发育分析

埃博拉雷斯顿病毒溯源：1989年弗吉尼亚州猴子疫情

案例背景1989年10月2日，100只食蟹猴（Macaca fascicularis）从菲律宾马尼拉起飞，经阿姆斯特丹中转，抵达纽约肯尼迪机场，再用卡车运到弗吉尼亚州雷斯顿（Reston）的黑泽顿研究产品公司（Hazleton Research Products）灵长类检疫中心。10月4日，这批猴子...

序列数: 约66条报告: 1989年10月–1996年4月

甲型肝炎病毒（Hepatitis A Virus, HAV）

甲型肝炎病毒（Hepatitis A Virus, HAV）1988病例对照研究与历史队列研究；血清学调查（抗HAV IgM检测）；免疫电镜与cDNA分子探针杂交；细胞培养病毒分离与狨猴实验感染；剂量-反应关系分析

1988年上海甲肝大暴发溯源：一颗毛蚶与30万感染者的粪口传播链

一、案例背景1988年元旦刚过，上海各大医院突然涌入大量黄疸病人。患者面色蜡黄、全身乏力、谷丙转氨酶（SGPT）动辄破千。1月19日当天，全市传报甲肝病例134例——这个数字在两周内飙升到单日1.9万例。疫情持续至5月，累计报告病例约31万至35万（全年35.2万例，其中市区31万例），直接死于急性...

序列数: 约8条（1988年HAV VP1/2A区域）；337条（中国2003–2008年IA型分离株）报告: 1988年1月–1988年5月

安第斯病毒（Andes orthohantavirus, ANDV）

安第斯病毒（Andes orthohantavirus, ANDV）2026全基因组测序、系统发育分析、RT-PCR分型、血清学检测、流行病学接触者追踪

2026年安第斯病毒邮轮疫情溯源：MV Hondius号封闭环境人人传播事件

案例背景2026年4月1日，荷兰籍探险邮轮MV Hondius从阿根廷最南端的港口城市乌斯怀亚起航。这条航线横跨南大西洋，途经多座偏远的亚南极岛屿，船上有来自十几个国家的乘客和船员。没有人会想到，一艘从汉坦病毒传统疫区边缘出发的船，会把一种罕见的啮齿动物传播病毒变成一场国际卫生事件。5月2日，WHO...

序列数: 约10条（邮轮相关基因组）报告: 2026年4月–5月

Bundibugyo埃博拉病毒（BDBV）

Bundibugyo埃博拉病毒（BDBV）2026基因组流行病学、贝叶斯分子钟定年、最大似然系统发育分析、全基因组测序（Illumina/Nanopore）、RT-PCR分型、接触者追踪、宏基因组筛查

2026年刚果（金）Bundibugyo埃博拉疫情溯源

案例背景2026年5月5日，世界卫生组织接到刚果（金）伊图里省Mongbwalu卫生区一起"不明原因高致死率疾病"的警报。多名患者出现了发热、呕吐、腹泻和出血倾向：症状模式和埃博拉病毒病高度吻合，但该区域此前经历的主要是扎伊尔型埃博拉疫情（2018-2020年北基伍-伊图里暴发，...

序列数: 约139条报告: 2026年5月–持续中

中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）

中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）2015流行病学调查、全基因组测序、系统发育分析、接触者追踪

2015年韩国MERS-CoV疫情溯源：医院超级传播事件

案例背景2015年5月，韩国暴发中东呼吸综合征（MERS）疫情，累计报告186例病例，38例死亡（病死率20.4%）。这是MERS-CoV自2012年首次在中东发现以来，最大规模的境外传播事件。溯源难题在于：韩国本土没有MERS-CoV流行，病毒是如何传入的？传入后为什么能在医院环境中快速扩散？需要...

序列数: 约50条报告: 2015年5月–2015年12月

肠道病毒71型（EV71）

肠道病毒71型（EV71）2008病毒分离、RT-PCR、Sanger测序、系统发育分析、哨点监测

EV71手足口病溯源：2008年安徽阜阳疫情

案例背景2008年3月至5月，中国安徽阜阳地区暴发大规模手足口病疫情，累计报告病例4929例，其中22例死亡。病原体鉴定为肠道病毒71型（EV71），属于小RNA病毒科肠道病毒A种。EV71感染主要影响5岁以下儿童，重症病例可出现脑干脑炎、神经源性肺水肿，病死率高达10-25%。溯源难题在于：手足口...

序列数: 约500条报告: 2008年3月–2008年12月