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溯源案例研究

经典溯源案例完整复盘 — 每个案例含图文卡片、时间轴、证据链

Nipah virus (NiV)

Nipah virus (NiV)2001-2014病例对照流行病学调查；血清学调查；系统发育分析与全基因组测序；病毒分离培养

尼帕病毒孟加拉国疫情溯源：椰枣汁、果蝠与人传人的证据链

案例背景1998年马来西亚暴发了人类历史上第一起尼帕病毒（Nipah virus, NiV）疫情，283人感染、109人死亡。猪是中间宿主。疫情靠扑杀逾百万头猪才被扑灭，此后再没有在马来西亚卷土重来。但故事没有结束。2001年4月，孟加拉国Meherpur区一个村庄出现聚集性发热伴脑炎病例，9人死亡...

序列数: 约146条（孟加拉国）；约440条（全球）报告: 2001年4月–2019年5月

A型禽流感H10N8病毒（Influenza A virus subtype H10N8）

A型禽流感H10N8病毒（Influenza A virus subtype H10N8）2013-2014流行病学调查；实时荧光RT-PCR分型；病毒分离与全基因组测序；最大似然法系统发育分析；活禽市场环境采样与鸡胚培养

2013年H10N8禽流感溯源：南昌活禽市场新型重配病毒的跨种传播

案例背景2013年12月，中国江西省南昌市报告了全球首例人感染H10N8禽流感病例。患者是一位73岁女性，有高血压和冠心病史，发病前4天曾到访当地活禽市场。入院后病情急剧恶化，出现重症肺炎、急性呼吸窘迫综合征和多器官衰竭，发病后第9天死亡。这是全球首例人感染H10N8亚型禽流感病毒。（此前H10亚型...

序列数: 3条（人类）；约10条（活禽市场H10N8）；约53条（活禽市场全部分离株）报告: 2013年12月–2014年2月

Lujo病毒（LUJV，Mammarenavirus lujoense）

Lujo病毒（LUJV，Mammarenavirus lujoense）2008无偏倚454焦磷酸测序（宏基因组病原发现）、系统发育分析、免疫组织化学检测、RT-PCR检测与病毒分离培养、流行病学接触者追踪

2008年Lujo病毒院内暴发溯源：从赞比亚到南非的新型沙粒病毒发现

一、案例背景2008年9月2日，一位36岁的女性旅行代理商在赞比亚首都卢萨卡郊外突然发病——高热、剧烈头痛、肌痛。她住在一处农业小庄园，养着马、狗和猫，家中偶尔可见睡鼠出没，马厩有明确的啮齿动物活动痕迹。9月4日她乘飞机前往南非参加婚礼，在婚礼上感到发冷。返回赞比亚后病情迅速恶化：皮疹从脚趾蔓延至面...

序列数: 7条报告: 2008年9月–2008年12月

琅琊亨尼帕病毒（Langya henipavirus, LayV）

琅琊亨尼帕病毒（Langya henipavirus, LayV）2018-2022宏基因组测序；系统发育分析；血清学调查；病毒分离培养；RT-PCR分子检测

琅琊亨尼帕病毒溯源：2022年中国哨点监测发现的新型人畜共患亨尼帕病毒

案例背景2018年12月，山东青岛一名53岁的女性农民因发热就诊。体温超过38°C，同时有头痛、乏力、咳嗽、肌肉酸痛和淋巴结肿大。常规病原体检测全部阴性。医生按"不明原因发热"收治入院，在她的咽拭子样本上做了宏基因组测序。这不是孤立事件。2018年4月到2021年8月，山东青岛和河南信阳的三个哨点医...

序列数: 约86条报告: 2018年4月–2022年8月

扎伊尔埃博拉病毒（Zaire ebolavirus）

扎伊尔埃博拉病毒（Zaire ebolavirus）1976临床流行病学调查、病毒分离与细胞培养、电子显微镜形态学鉴定、免疫荧光血清学检测、野生动物宿主筛查

1976年扎伊尔埃博拉疫情溯源：Yambuku医院注射传播链与病毒发现

案例背景1976年8月底，扎伊尔（今刚果民主共和国）北部Bumba地区赤道雨林深处的Yambuku教会医院，接诊了一位发烧的44岁男教师Mabalo Lokela。他刚从靠近中非共和国边境的埃博拉河一带旅行归来，被诊断为疟疾，在门诊注射了一针氯喹。五天后他返回医院时症状急剧恶化：剧烈头痛、肌肉撕裂痛...

序列数: 约22条报告: 1976年8月–1976年11月

马尔堡病毒（Marburg virus，MARV）安哥拉株

马尔堡病毒（Marburg virus，MARV）安哥拉株2004-2005实时定量RT-PCR检测、全基因组测序与系统发育分析、流行病学调查与接触者追踪、抗原捕获ELISA与病毒分离培养、免疫组化染色

2005年安哥拉马尔堡疫情溯源：Uíge省儿科病房超级传播事件与全基因组证据链

案例背景2005年3月21日，美国CDC确认了安哥拉北部Uíge省一系列不明原因出血热死亡病例的元凶：马尔堡病毒（Marburg virus）。这是个意外。马尔堡病毒历来只在东非活动——乌干达、肯尼亚、刚果（金）——从未在西非露过面。而Uíge距离已知的所有马尔堡疫源地超过1600公里。疫情实际上从...

序列数: 16条全基因组；11条安哥拉临床样本；5条参考分离株报告: 2004年10月–2005年7月

雷斯顿埃博拉病毒（Reston ebolavirus, RESTV）

雷斯顿埃博拉病毒（Reston ebolavirus, RESTV）1989-1990、1992-1993、1996、2008-2009、2015病毒分离与培养、电子显微镜形态学鉴定、抗原捕获ELISA与免疫组化、间接免疫荧光抗体检测（IFAT）、RT-PCR与全基因组测序、系统发育分析

埃博拉雷斯顿病毒溯源：1989年弗吉尼亚州猴子疫情

案例背景1989年10月2日，100只食蟹猴（Macaca fascicularis）从菲律宾马尼拉起飞，经阿姆斯特丹中转，抵达纽约肯尼迪机场，再用卡车运到弗吉尼亚州雷斯顿（Reston）的黑泽顿研究产品公司（Hazleton Research Products）灵长类检疫中心。10月4日，这批猴子...

序列数: 约66条报告: 1989年10月–1996年4月

甲型肝炎病毒（Hepatitis A Virus, HAV）

甲型肝炎病毒（Hepatitis A Virus, HAV）1988病例对照研究与历史队列研究；血清学调查（抗HAV IgM检测）；免疫电镜与cDNA分子探针杂交；细胞培养病毒分离与狨猴实验感染；剂量-反应关系分析

1988年上海甲肝大暴发溯源：一颗毛蚶与30万感染者的粪口传播链

一、案例背景1988年元旦刚过，上海各大医院突然涌入大量黄疸病人。患者面色蜡黄、全身乏力、谷丙转氨酶（SGPT）动辄破千。1月19日当天，全市传报甲肝病例134例——这个数字在两周内飙升到单日1.9万例。疫情持续至5月，累计报告病例约31万至35万（全年35.2万例，其中市区31万例），直接死于急性...

序列数: 约8条（1988年HAV VP1/2A区域）；337条（中国2003–2008年IA型分离株）报告: 1988年1月–1988年5月

安第斯病毒（Andes orthohantavirus, ANDV）

安第斯病毒（Andes orthohantavirus, ANDV）2026全基因组测序、系统发育分析、RT-PCR分型、血清学检测、流行病学接触者追踪

2026年安第斯病毒邮轮疫情溯源：MV Hondius号封闭环境人人传播事件

案例背景2026年4月1日，荷兰籍探险邮轮MV Hondius从阿根廷最南端的港口城市乌斯怀亚起航。这条航线横跨南大西洋，途经多座偏远的亚南极岛屿，船上有来自十几个国家的乘客和船员。没有人会想到，一艘从汉坦病毒传统疫区边缘出发的船，会把一种罕见的啮齿动物传播病毒变成一场国际卫生事件。5月2日，WHO...

序列数: 约10条（邮轮相关基因组）报告: 2026年4月–5月

Bundibugyo埃博拉病毒（BDBV）

Bundibugyo埃博拉病毒（BDBV）2026基因组流行病学、贝叶斯分子钟定年、最大似然系统发育分析、全基因组测序（Illumina/Nanopore）、RT-PCR分型、接触者追踪、宏基因组筛查

2026年刚果（金）Bundibugyo埃博拉疫情溯源

案例背景2026年5月5日，世界卫生组织接到刚果（金）伊图里省Mongbwalu卫生区一起"不明原因高致死率疾病"的警报。多名患者出现了发热、呕吐、腹泻和出血倾向：症状模式和埃博拉病毒病高度吻合，但该区域此前经历的主要是扎伊尔型埃博拉疫情（2018-2020年北基伍-伊图里暴发，...

序列数: 约139条报告: 2026年5月–持续中

中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）

中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）2015流行病学调查、全基因组测序、系统发育分析、接触者追踪

2015年韩国MERS-CoV疫情溯源：医院超级传播事件

案例背景2015年5月，韩国暴发中东呼吸综合征（MERS）疫情，累计报告186例病例，38例死亡（病死率20.4%）。这是MERS-CoV自2012年首次在中东发现以来，最大规模的境外传播事件。溯源难题在于：韩国本土没有MERS-CoV流行，病毒是如何传入的？传入后为什么能在医院环境中快速扩散？需要...

序列数: 约50条报告: 2015年5月–2015年12月

肠道病毒71型（EV71）

肠道病毒71型（EV71）2008病毒分离、RT-PCR、Sanger测序、系统发育分析、哨点监测

EV71手足口病溯源：2008年安徽阜阳疫情

案例背景2008年3月至5月，中国安徽阜阳地区暴发大规模手足口病疫情，累计报告病例4929例，其中22例死亡。病原体鉴定为肠道病毒71型（EV71），属于小RNA病毒科肠道病毒A种。EV71感染主要影响5岁以下儿童，重症病例可出现脑干脑炎、神经源性肺水肿，病死率高达10-25%。溯源难题在于：手足口...

序列数: 约500条报告: 2008年3月–2008年12月

甲型流感病毒 H1N1

甲型流感病毒 H1N11918-1919古病毒基因组学、RT-PCR扩增、反向遗传学、系统发育分析

1918年西班牙流感溯源：从冻土尸体到全基因组

案例背景1918年春至1919年冬，一场流感大流行席卷全球，造成约5000万人死亡，超过第一次世界大战的死亡人数。疫情分三波：1918年春（温和）、1918年秋（致命）、1919年冬（中等）。由于战时新闻管制，西班牙作为中立国率先公开报道，疫情因此得名"西班牙流感"。溯源难题在于...

序列数: 1条（完整基因组）报告: 1918年3月–1919年12月

马尔堡病毒

马尔堡病毒1967流行病学调查、病毒分离培养、电子显微镜、供应链追溯

马尔堡病毒溯源：1967年德国实验室疫情

案例背景1967 年 8 月，德国马尔堡和法兰克福两家实验室的工作人员同时暴发严重出血热，随后南斯拉夫贝尔格莱德也报告类似病例。共 31 人发病（25 例原发感染，6 例继发感染），7 人死亡（病死率 23%）。这是马尔堡病毒（Marburg virus）首次被人类识别。溯源难题在于：三家实验室均从...

序列数: 不适用（1967年尚未有测序技术）报告: 1967年8月–1967年10月

猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）

猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）2016-2017流行病学调查、全基因组测序、蝙蝠粪便宏基因组、重组分析

SADS-CoV 猪急性腹泻综合征冠状病毒溯源

案例背景2016年10月，中国广东省清远市一家大型养猪场暴发新生仔猪急性严重腹泻——出生2-6天的仔猪在数小时内出现剧烈水样腹泻和呕吐，病死率接近100%。最初怀疑为流行性腹泻病毒（PEDV）或猪德尔塔冠状病毒（PDCoV），但常规RT-PCR均为阴性。华南农业大学和农科院联合团队通过宏基因组测序发...

序列数: 约20条（2016-2017猪源）；>20条（蝙蝠HKU2相关株）报告: 2016年10月–2017年5月

发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）

发热伴血小板减少综合征病毒（SFTSV）2009-至今流行病学调查、宏基因组测序、蜱虫生态学调查、血清学回溯

SFTS 发热伴血小板减少综合征溯源

案例背景2009年3-7月，中国湖北和河南的丘陵山区暴发一种不明原因的发热-血小板减少-多器官功能障碍综合征——早期病死率约10-30%。报告病例多为从事农业、林业和山野作业的农民，有蜱虫叮咬史。中国CDC于2010年从患者血液中分离出一种新型布尼亚病毒——命名SFTSV。这是中国在21世纪第一个完...

序列数: >500条（中日韩）报告: 2009年3月–2024年（中国、日本、韩国持续散发）

淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）

淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）1933-至今流行病学调查、系统发育分析、血清学监测、家鼠种群调查

LCMV 淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒溯源

案例背景淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）占据免疫学史上的特殊位置——它是最早发现的人类沙粒病毒（1933年，早于拉沙热36年），也是免疫学的"模式病原"。Peter Medawar和Frank Burnet因"获得性免疫耐受"理论获得1960年诺贝尔奖——该理论的核心实验正是LCMV在小鼠中的...

序列数: 约100条（全球）报告: 1933年–2024年（全球散发）

博尔纳病病毒1（BoDV-1）

博尔纳病病毒1（BoDV-1）1885-至今流行病学调查、系统发育分析、血清学监测、动物模型

博尔纳病毒溯源：人畜共患病毒的精神医学线索

案例背景1885年，德国萨克森州博尔纳镇（Borna）的马匹暴发一种致命性脑脊髓炎——"博尔纳病"由此命名。病因长期不明——直到1980年代确认病原为一种非分段负链RNA病毒：博尔纳病病毒（Borna disease virus, BoDV-1）。BoDV-1以神经嗜性著称——在边缘系统、海马和基底...

序列数: 约100条（全球）报告: 1885年–2024年

狂犬病毒（RABV）

狂犬病毒（RABV）远古-至今系统发育地理学分析、分子钟推算、历史文献考古、血清学监测

狂犬病毒全球溯源

案例背景狂犬病是人类已知最古老的病毒性人畜共患病——古巴比伦《埃什努纳法典》（约公元前2300年）已记载："一条发疯的狗咬了人，并致其死亡，狗的主人须支付40银币"。狂犬病毒是一种弹状病毒，一旦出现临床症状，死亡率近乎100%——是人类已知致死率最高的感染病。全球每年约5.9万人死于狂犬病，>99%...

序列数: >5000条（全球）报告: 前23世纪–2024年（持续）

诺如病毒（NoV）GII.4

诺如病毒（NoV）GII.41968-至今系统发育分析、分子钟推算、全球监测网络分析、流行病学调查

诺如病毒全球流行溯源

案例背景诺如病毒是全球急性胃肠炎的首要病原——每年约6.85亿例感染，儿童中约2亿例，死亡约20万例（主要在发展中国家），全球经济损失约600亿美元/年。1968年美国俄亥俄州诺沃克镇一所小学暴发急性胃肠炎——Albert Kapikian从患儿粪便中通过免疫电镜发现了病毒颗粒，"诺如病毒"由此得名...

序列数: >10000条（全球）报告: 1968年–2024年（持续全球地方性循环）