Pango谱系

Pango lineage
定义:

Pango谱系是SARS-CoV-2的动态谱系命名体系,以层级化的字母数字组合(如B.1、BA.1)标记系统发育树上具有流行病学意义的单系群。每个谱系通常对应一次引入并建立持续传播的传播事件,编号深度不超过三层,超出后启用新字母前缀。这套体系由Rambaut等人于2020年提出,名称取自拉丁语,意为"我记录"。开源工具Pangolin依据它对新基因组自动指派谱系,供全球基因组监测使用。

Pango谱系

它是给新冠病毒进化支系分配层级编号的命名体系。B.1.1.7、BA.1这类谱系号即由此而来。

沿革

2020年,Rambaut等人在《自然·微生物学》发表动态命名方案。它结束了命名的混乱。B.1.1.7、B.1.617.2、BA.1分别对应Alpha、Delta、Omicron变异株。它们是各国共享的追踪语言。

溯源应用

谱系划定以系统发育树为骨架,比基因型划分更细,记录的是支系的兴起与消亡。长期无上报的谱系被标为不活跃,重组新支系启用X前缀,XBB即为一例。与传播链重建互为表里,是溯源分析常用的坐标。