溯祖理论
Coalescent Theory
定义：
溯祖理论（Coalescent Theory）是群体遗传学中描述基因谱系回溯过程的数学框架。该理论从当代样本出发，沿时间逆向追溯其基因谱系，直至找到所有样本的最近共同祖先（MRCA），而不需对种群历史做耗时的前向模拟。在标准溯祖模型中，任意两个谱系在上一代发生合并（coalesce）的概率仅依赖于有效种群大小 Ne。溯祖理论为从分子序列数据推断种群历史参数——包括有效种群大小、种群增长率、迁移率及溯祖时间——提供了严格的统计基础。这一方法已被广泛整合于 BEAST 等贝叶斯推断系统发育分析软件中，是基因溯源和系统发育动力学研究的核心工具。
溯祖理论
溯祖理论提供了一种从现有基因样本反向重建祖先谱系的概率框架，是系统发育树推断的核心统计引擎之一。
1982年，英国数学家 J.F.C. Kingman 正式提出 n-溯祖过程，将复杂的种群遗传系谱关系纳入一个简洁的连续时间马尔可夫链模型。Kingman 后来在回顾文章中写道，这个想法的起点可追溯到 1974 年他在澳大利亚与 Warren Ewens 和 Pat Moran 的交流。
今天，溯祖模型嵌入 BEAST 等主流软件，通过贝叶斯天际线图直接估计病毒种群大小的历史波动。在新冠疫情中，结构化溯祖模型与传播链推断结合，帮助研究人员从基因组序列反推有效再生数的时序变化。