重组

重组是指两个或多个亲本病毒在共同感染同一宿主细胞时，其基因组发生断裂和重新连接，产生携带双亲遗传物质子代的过程。与点突变逐个改变核苷酸不同，重组可以在一次事件中引入大片段遗传变异，是病毒进化的重要驱动力。

重组在RNA病毒中尤为常见。冠状病毒的复制酶具有模板切换能力，使得重组频率高达每基因组10^-4到10^-2。2020年出现的XBB变异株就是BA.2两个子系重组的产物，2022年的XE重组株则来自BA.1和BA.2的混合。流感病毒虽然不发生经典重组，但通过基因重配（reassortment）实现类似效果——2009年H1N1猪流感就是禽、猪、人流感病毒基因片段重配的结果。

在病毒溯源中，识别重组事件至关重要。未检测到的重组会扭曲系统发育树的拓扑结构，导致错误的进化关系推断。常用检测工具包括RDP5、SimPlot、GARD和3SEQ，它们通过滑动窗口分析序列相似性或检测系统发育信号不一致来识别重组断点。