基因重配

基因重配是指分节段RNA病毒在共同感染同一宿主细胞时，不同亲本病毒的基因组片段发生重新组合，产生携带双亲片段子代的过程。与经典重组（发生在同一基因组内部）不同，重配涉及整个片段的交换。

重配是流感病毒进化的主要驱动力。流感病毒基因组由8个负链RNA片段组成，分别编码不同的蛋白。当两种不同亚型的流感病毒同时感染一个细胞时，子代病毒可能随机继承任一片段，理论上可产生256种组合。1957年亚洲流感（H2N2）就是禽源H2N2与人流感病毒重配的产物，获得了禽源的HA、NA和PB1片段。

2009年H1N1猪流感是更复杂的重配案例：其6个内部基因片段来自北美猪流感，NA和M片段来自欧亚猪流感，而欧亚猪流感本身又是1979年禽、猪、人流感病毒三重重配的后代。在病毒溯源中，识别重配事件需要逐个片段构建系统发育树，寻找拓扑结构不一致的证据。