原理
测序平台选择影响病毒溯源的全部下游分析。核心评判维度为：读长、准确率、数据量、成本和便携性。短读长平台（Illumina）读长150-300 bp但单碱基准确率>99.9%，适合SNP鉴定和扩增子测序。长读长平台（Nanopore、PacBio）读长>10 kb可跨越重复区，适合de novo组装和结构变异检测。HiFi读长在准确率和长度间取得最佳平衡。
决策框架
场景一：已知病毒变异追踪
目标：鉴定SNP、Indel、重组断点。推荐Illumina 2×150 bp，覆盖度200×+。短读长高准确率可精确区分混合感染中的低频变异（>1%）。
场景二：新病毒de novo组装
目标：获取完整基因组序列。推荐Nanopore（低成本长读长）或PacBio HiFi（高准确率长读长）。最低覆盖度100×，读长>5 kb可跨越大多数病毒重复区。
场景三：未知病原体发现
目标：样本中所有物种鉴定。推荐Illumina宏基因组鸟枪法，20-50M reads/样本。Nanopore可补充做实时病原体筛查（Read Assignment 6小时内完成）。
场景四：现场实时溯源
目标：疫情暴发现场快速获取序列信息。唯一选择Nanopore MinION——重量<100>
平台参数对比
| 指标 | Illumina MiSeq | Nanopore MinION | PacBio Sequel IIe |
|---|---|---|---|
| 读长 | 2×300 bp | 1 kb - >2 Mb | 10-25 kb HiFi |
| 准确率 | Q30>75% | Q15-20 | Q30+ (CCS) |
| 产出/run | 15 Gb | 10-20 Gb | 200 Gb |
| 成本/run | ~$1,500 | ~$500-1,000 | ~$3,000 |
FAQ
Q：预算有限只能选一个平台，选哪个？
A：Illumina MiSeq——病毒变异检测和宏基因组筛查覆盖90%溯源需求。Nanopore作为补充，成本低可租用少数样本验证关键结构变异。
Q：同一批样本可以用两个平台测吗？
A：强烈推荐混合方案——Illumina 150 bp做polishing纠错Nanopore长读长组装，可获得接近参考基因组精度的de novo组装。成本增加约30%但产出质量翻倍。
Q：RNA病毒需要反转录，哪个平台更友好？
A：均支持。Nanopore有Direct RNA Sequencing Kit跳过RT步骤直接测RNA，避免了RT-PCR引入的嵌合序列和偏好——对RNA病毒溯源更接近真实序列谱。
参考文献
- Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet. 2016;17(6):333-351. DOI: 10.1038/nrg.2016.49
- Logsdon GA, Vollger MR, Eichler EE. Long-read human genome sequencing and its applications. Nat Rev Genet. 2020;21(10):597-614. DOI: 10.1038/s41576-020-0236-x