乙型肝炎病毒 Genotype D
乙型肝炎病毒基因型D是全球分布最广的HBV基因型，1988年由Okamoto等首次定义为HBV四大原始基因型之一。基因组全长3182 bp，为所有HBV基因型中最短，以pre-S1区33-nt特征性缺失和前C区G1896A高频无义突变为核心分子标志。系统地理学证据指向北非/中东为其起源地，铁器时代古病毒基因组支持中亚起源后向东欧和地中海扩张的传播路径。目前已鉴定D1至D11共11个亚基因型及若干准亚基因型，其中D1（44.3%）为全球优势亚基因型。基因型D与较进展性肝病病程、HBeAg阴性慢性肝炎、干扰素治疗应答率低（约25%）以及HCC相关突变高频（约30.9%）密切相关。
发现与命名
1988年，Okamoto团队在比对18株HBV全基因组序列时，发现它们按核苷酸差异可以分成四个群。群与群之间序列差异超过8%。这四个群被命名为A、B、C、D。其中D群由四株ayw血清亚型的毒株组成。这是基因型D第一次被正式定义。在那之前，HBV分类只看表面抗原亚型（adw、adr、ayw、ayr），但Okamoto的工作揭示了一个事实：血清亚型跟基因型不是一回事。同一个adw亚型可以散落在A、B、C三个不同的基因群里，而ayw亚型单独聚成了D群。
全球分布与传播
基因型D是HBV所有基因型中分布最广的一个。从地中海沿岸到南亚次大陆，从东欧到中东，到处都能找到它的身影。在阿尔巴尼亚、希腊、意大利、伊朗、黎巴嫩、塞尔维亚和土耳其，基因型D几乎占据HBV感染的绝大多数。系统地理学分析把这支病毒的最早起源指向了北非/中东地区。古病毒基因组数据提供了更久远的视角：基因型D的祖先序列在约2800年前的铁器时代就已存在于中亚。从那里出发，它一路向西扩张，进入欧洲。
欧洲在基因型D的全球扩散中扮演了中转站的角色。19世纪到20世纪的大规模人口迁移，把D2亚基因型（经爱沙尼亚、波兰、俄罗斯、塞尔维亚）和D3亚基因型（经意大利、西班牙）带到了美洲大陆。D1亚基因型则从西亚出发，同期传入南美和加勒比地区。目前全球已提交的基因型D序列约14501条，其中完整基因组约1639条。
分子特征
基因组结构特点
基因型D的基因组只有3182个核苷酸，是所有HBV基因型中最短的。短的原因是pre-S1区起始处有一个33个核苷酸的缺失。这个缺失删掉了一截，但产生的L蛋白还能正常工作——它保留了豆蔻酰化位点和肝细胞识别区，只是比别的基因型短了一截。这个33-nt缺失是基因型D的标志性特征。它还有个后果：携带这个缺失的病毒分泌HBsAg的效率明显降低，临床上可能造成HBsAg检测的假阴性。
另一个分子层面的重要特征是前C区（pre-core）的G1896A突变。这个突变把第28位密码子变成了终止信号，HBeAg前体蛋白翻译到这就断了，病毒不再产生HBeAg。在基因型D流行的地区，感染者在青春期或成年早期就自然发生HBeAg到anti-HBe的血清转换。这个模式说明基因型D主要通过水平传播（而非围产期垂直传播）在人群中扩散。
关键突变
HBV基因型D的高频临床相关突变体现在多个基因区域。下表汇总了其中几个重要的突变位点及其功能影响：
| 基因 | 突变 | 类型 | 功能影响 |
|---|---|---|---|
| pre-C | G1896A | 无义突变 | 产生终止密码子（UAG），阻断HBeAg前体翻译，导致HBeAg阴性表型，与水平传播模式相关 |
| BCP | A1762T/G1764A | 双碱基替换 | 位于基本核心启动子区，下调前C mRNA转录水平，与肝细胞癌（HCC）风险显著相关；基因型D中检出率约21.5% |
| BCP | T1753V | 碱基替换 | 核心启动子区变异，与肝癌发生和严重肝病进展相关；基因型D中检出率约16.6% |
| Enh II | C1653T | 碱基替换 | 位于增强子II区，影响病毒复制调控，与HCC风险增加相关；基因型D中检出率约8.8% |
| pre-S1 | 33-nt deletion | 缺失突变 | 基因型D特征性标记（nt2854起），产生截短L蛋白，降低HBsAg分泌水平，可能关联"假性"隐匿性HBV感染 |
| S | sG145R等 | 错义突变 | 位于"a"决定簇（aa124-147），改变HBsAg抗原构象，可导致疫苗诱导抗体结合失败和HBsAg试剂盒检测假阴性；基因型D总体免疫逃逸突变频率约9.3% |
临床与公共卫生影响
基因型D走了一条比基因型A更凶险的路。多项研究指向它带来更进展性的肝病。在HBeAg阳性患者中，基因型D对聚乙二醇干扰素的应答率仅25%，远低于基因型A的47%和基因型B的44%。对抗病毒治疗不敏感的倾向让临床管理变得更复杂。
在肝细胞癌风险方面，基因型D中约30.9%的序列携带至少一个HCC相关突变。亚基因型之间的差异值得关注：D1的HCC突变累积率最高（36.4%），印度人群中的数据显示D1感染者比D3感染者更容易进展为严重肝损伤和HCC。体外实验为此提供了机制解释——D1复制速度更快，引发更强烈的内质网应激。核苷（酸）类似物治疗方面，D1和D2对替诺福韦和恩替卡韦比较敏感，D3和D5的反应就差一些。
疫苗方面，基因型D的S蛋白"a"决定簇区存在免疫逃逸突变（约9.3%），其中D4亚基因型频率最高（19%）。虽然现有乙肝疫苗仍然对绝大多数基因型D毒株有效，这些突变提醒我们：长期、大规模疫苗接种压力下，逃逸突变的积累需要持续监测。
亚基因型多样性
2004年，Norder等人把基因型D进一步分成D1到D4四个亚基因型。之后十几年里，又陆续有D5到D11被鉴定出来。D1是全球最占优势的亚基因型，占所有D型序列的44.3%，主要扎堆在南亚（伊朗、印度、土耳其）。D2占24.2%，分布最散，从美国、俄罗斯一路铺到日本和巴西。D3和D6后来被证实在系统发育上无法可靠分开，现在合并为D3+D6（占16.9%），在南亚和南美都很常见。D4虽然只占1.8%，但散布在巴西、古巴、海地、加拿大等地区，和历史上的跨大西洋人口流动轨迹吻合。D5基本局限在印度东部，D7只出现在突尼斯，D10是埃塞俄比亚的特有分支，D11于2019年发表，样本来自中国广西那坡县（2011年和2018年采集）。
病毒学家用"准亚基因型"（quasi-subgenotype）这个术语来容纳那些核苷酸差异不够4%但又自成一个单系群的毒株。格陵兰岛因纽特人社区里发现了一支独特的基因型D准亚基因型，它和D1、D2的核苷酸距离都只有约3%。这支病毒在格陵兰几乎100%区域性聚集，大概率是历史上少数毒株传入后在相对封闭的人群中独立演化了几百年。
参考文献
- Okamoto H, Tsuda F, Sakugawa H, et al. Typing hepatitis B virus by homology in nucleotide sequence: comparison of surface antigen subtypes. J Gen Virol. 1988;69(10):2575-2583. DOI: 10.1099/0022-1317-69-10-2575
- Sant'Anna TB, Araujo NM. Hepatitis B Virus Genotype D: An Overview of Molecular Epidemiology, Evolutionary History, and Clinical Characteristics. Microorganisms. 2023;11(5):1101. DOI: 10.3390/microorganisms11051101
- Kostaki EG, Karamitros T, Stefanou G, et al. Unravelling the history of hepatitis B virus genotypes A and D infection using a full-genome phylogenetic and phylogeographic approach. Elife. 2018;7:e36709. DOI: 10.7554/eLife.36709
- Araujo NM, Teles SA, Spitz N. Comprehensive Analysis of Clinically Significant Hepatitis B Virus Mutations in Relation to Genotype, Subgenotype and Geographic Region. Front Microbiol. 2020;11:616023. DOI: 10.3389/fmicb.2020.616023
- Ren CC, Chen QY, Wang XY, et al. Novel subgenotype D11 of hepatitis B virus in NaPo County, Guangxi, bordering Vietnam. J Gen Virol. 2019;100(5):828-837. DOI: 10.1099/jgv.0.001257