Iota(B.1.526)
1、关键突变
| 基因 | 突变 | 类型 | 功能影响 |
|---|---|---|---|
| S | E484K | 错义突变 | RBD关键位点,谷氨酸→赖氨酸替换。大幅降低中和抗体结合活性,是免疫逃逸的核心驱动突变,Beta和Gamma等VOC也共享此位点 |
| S | S477N | 错义突变 | RBD区域,丝氨酸→天冬酰胺。增强刺突蛋白与ACE2受体的结合亲和力,部分亚支携带此突变 |
| S | D614G | 错义突变 | S1亚基C端结构域。使S蛋白更倾向于"开放"构象,提升病毒进入宿主细胞的效率,几乎所有后期谱系均继承此突变 |
| S | T95I | 错义突变 | NTD区域,苏氨酸→异亮氨酸。位于NTD抗原超位点附近,可能改变糖基化模式,影响抗体识别 |
| S | D253G | 错义突变 | NTD超位点环区。天冬氨酸→甘氨酸,该区域是中和抗体的主要靶标之一,突变可能削弱NTD导向抗体的结合 |
| S | A701V | 错义突变 | S2亚基,紧邻弗林蛋白酶切割位点。可能与Beta共享,潜在影响S1/S2切割效率及膜融合过程 |
| ORF1a | S3675-/G3676-/F3677- | 三氨基酸缺失 | nsp6蛋白缺失突变。与Alpha、Beta、Gamma三个VOC共享,涉及先天免疫逃逸和病毒复制调节 |
2、命名由来
B.1.526 遵循 Pango 动态谱系命名体系。字母和数字的组合反映系统发育层级:B 代表新冠早期分化的主要支系之一,B.1 是它的直系后代。B.1.526 在 B.1 基础上进一步分化,于 2020 年 11 月在纽约被首次识别。
2021 年 3 月 24 日,WHO 将其列为"需要留意的变异株"(VOI),按希腊字母表顺序命名为 Iota(ι)。这个标签纯粹是序号的产物,不代表生物学属性。
与亲本谱系 B.1 相比,B.1.526 在刺突蛋白上累积了 6 个特征性氨基酸替换(L5F、T95I、D253G、E484K、D614G、A701V),外加 nsp6 上一段三氨基酸缺失。其中 E484K 是区分度最高的突变。B.1.526 内部又分出两个主要亚支:一支携带 E484K 但无 S477N,另一支正好反过来。少数序列两者兼有。
3、特征解读
B.1.526 最值得关注的地方是它同时握着两张牌:E484K 负责抗体逃逸,S477N 负责增强受体结合。在它出现之前,E484K 已经在 Beta(B.1.351)和 Gamma(P.1)身上证明了它的麻烦程度。B.1.526 的不同在于,它没有 N501Y 这个"传播加速器",纯粹靠 E484K 加 S477N 的组合在纽约硬扛 Alpha(B.1.1.7)。
在 2021 年 1 月至 4 月的纽约,B.1.526 一度拿下近 40% 的测序份额。它在美国本土 50 个州均有检出,还扩散到 57 个国家和地区。不过它的全球存在感远不如 Alpha 和后来的 Delta,绝大多数序列集中在纽约及周边。
和同期同样携带 E484K 的谱系比:P.2(Zeta,巴西)也靠 E484K 制造再感染案例,但全球扩散规模远小于 B.1.526。B.1.525(Eta)虽然也携带 E484K,还叠加了 Q677H、F888L 和类似 Alpha 的 69-70 缺失,但始终没能在任何区域形成持续社区传播,全球序列远不及 B.1.526。B.1.526 独占的优势在于 E484K 和 S477N 可以出现在同一谱系的不同亚支里,给了它更多演化灵活性。Alpha 一进场,B.1.526 的增长就慢了下来。等 Delta 杀到,它基本退出竞争。就这样。
4、全球分布
| 地区/国家 | 序列数 | 全球占比 | 趋势 |
|---|---|---|---|
| 美国 | 45,985 | 约 98.7% | 2021 年 2-4 月为高峰期,4 月后快速下降,6 月底基本消失 |
| 厄瓜多尔 | 168 | <1% | 散发性输入,无持续社区传播 |
| 加拿大 | 158 | <1% | 零星检出,来自边境关联病例 |
| 西班牙 | 119 | <1% | 散发性,旅行相关为主 |
| 哥伦比亚 | 115 | <1% | 低水平散发 |
| 阿鲁巴 | 103 | <1% | 旅游目的地关联输入 |
| 德国 | 56 | <1% | 零星检出 |
| 墨西哥 | 50 | <1% | 低水平散发 |
数据来源:GISAID,截至 2021 年 8 月 11 日,全球共 57 个国家/地区报告 B.1.526 序列,合计 46,589 条。美国纽约州及周边三州(新泽西、康涅狄格)贡献了绝大多数序列。谱系的地理集中度极高,呈典型的"区域爆发、全球零星溢出"模式。
5、传播力评估
相对增长优势:在纽约都会区,B.1.526 的估计传播优势比当时流行的其他谱系高约 35%。2021 年 1 月至 2 月期间,它在纽约市的占比从个位数猛增至约 40%,增速一度超过同期进入该地区的 Alpha。不过这个优势后来被 Alpha 和 Delta 依次压制。
免疫逃逸能力:体外中和实验显示,B.1.526(E484K 亚支)使康复者血浆的中和活性下降约 4 倍。辉瑞和莫德纳疫苗接种者血清的中和滴度降幅在 3.3 至 4.5 倍之间。对两款临床使用的单克隆抗体(bamlanivimab 和 etesevimab 的组合),B.1.526 表现出部分甚至完全耐药。好在这个程度的抗体逃逸还算"温和",远不及后来 Omicron 的水平。
临床严重性:CDC 的 MMWR 报告在分析了纽约市 2021 年 1-4 月的流行病学数据后指出,没有证据表明 B.1.526 导致更严重的疾病结局。疫苗突破感染率和再感染风险也未显著高于同期其他谱系。没别的。
参考文献
- Annavajhala MK, Mohri H, Wang P, et al. Emergence and expansion of SARS-CoV-2 B.1.526 after identification in New York. Nature. 2021;597(7878):703-708. DOI: 10.1038/s41586-021-03908-2
- West AP Jr, Wertheim JO, Wang JC, et al. Detection and characterization of the SARS-CoV-2 lineage B.1.526 in New York. Nat Commun. 2021;12(1):4886. DOI: 10.1038/s41467-021-25168-4
- Thompson CN, Hughes S, Ngai S, et al. Rapid Emergence and Epidemiologic Characteristics of the SARS-CoV-2 B.1.526 Variant — New York City, New York, January 1–April 5, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2021;70(19):712-716. DOI: 10.15585/mmwr.mm7019e1
