FLiRT（KP.1.1）
关键突变KP.1.1 在亲本 KP.1 的基础上仅新增了 1 个谱系定义突变——S:R346T。回溯其完整演化路径至 JN.1，KP.1.1 共累积了 3 处关键刺突蛋白氨基酸替换。其中 R346T 和 F456L 构成了「FLiRT」昵称...
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一步法RT-qPCR病毒核酸检测——SYBR Green I与TaqMan探针法定量标准流程
一、原理RT-qPCR把反转录（RT）和荧光定量PCR（qPCR）塞进一个反应管，从病毒RNA直接走到定量结果。它解决的核心问题是：临床样本里的病毒核酸量太少，跑普通PCR连条带都看不到。荧光信号在每个扩增循环被实时采集。模板越多，荧光"起...
Orthrus（CH.1.1）
1、关键突变CH.1.1 在亲本 BA.2.75 的基础上额外积累了 4 个 RBD 关键替换，其中 S:L452R 是其谱系定义突变——同一个突变曾在 Delta 和 BA.4/BA.5 中出现。下表列出 CH.1.1 相对于 Wuhan...
安第斯病毒 Andes orthohantavirus
关键突变基因突变类型功能影响M片段（GPC）Gn和Gc糖蛋白区存在与人人传播相关的氨基酸替换错义突变Gn-Gc异二聚体负责病毒入胞，该区域的突变可能改变受体结合亲和力和膜融合效率，部分突变与增强的人际传播能力相关M片段（GPC）糖基化位点附...
Freyja废水变异株解卷积——基于等位基因频率的群体变异监测
原理废水基因组监测的基本思路不复杂：感染者排出含有病毒核酸的粪便和呼吸道分泌物，这些核酸进入下水道后混合在一起，形成一份"全社区"的病毒池。传统的废水测序只能告诉你"这里面有多少SARS-CoV-2 RNA&q...
基因重配
基因重配是指分节段RNA病毒在共同感染同一宿主细胞时，不同亲本病毒的基因组片段发生重新组合，产生携带双亲片段子代的过程。与经典重组（发生在同一基因组内部）不同，重配涉及整个片段的交换。重配是流感病毒进化的主要驱动力。流感病毒基因组由8个负链...
1918年西班牙流感溯源：从冻土尸体到全基因组
案例背景1918年春至1919年冬，一场流感大流行席卷全球，造成约5000万人死亡，超过第一次世界大战的死亡人数。疫情分三波：1918年春（温和）、1918年秋（致命）、1919年冬（中等）。由于战时新闻管制，西班牙作为中立国率先公开报道，...
宏基因组组装——无偏倚病原体基因组重建
原理宏基因组组装是从复杂环境样本（如水体、土壤、临床标本）的混合测序数据中重建完整或近完整基因组序列的计算方法。核心逻辑是利用序列重叠（overlap）将短读长拼接为长片段（contig），再通过配对末端信息或长读长数据将 contig 连...
PhyML最大似然建树——aLRT分支支持度快速检验
原理PhyML采用同时优化树拓扑和分支长度的JTT（Jones-Taylor-Thornton）或替代矩阵。独特的NNI+SPR混合搜索策略：先做快速NNI（Nearest Neighbor Interchange）达到局部最优，再做SPR...
有效再生数
Rt在2003年SARS和2020年COVID-19疫情期间成为各国公共卫生决策的核心实时指标。与R0不同，Rt不是病毒的固有属性，而是病毒、宿主行为、环境干预三者动态博弈的结果。英国在2020年秋季将Rt压制目标设为低于1.0、意大利按大...