第2页_溯源案例研究_基因溯源数据中心

人轮状病毒A组（RVA）

人轮状病毒A组（RVA）1973-至今系统发育分析、血清型全球分布监测、疫苗有效性研究

轮状病毒全球溯源与疫苗

案例背景轮状病毒是全球婴幼儿重症腹泻的首要病原——疫苗前时代每年约52.7万5岁以下儿童死亡（主要集中在南亚和撒哈拉以南非洲）。1973年澳大利亚Ruth Bishop团队通过十二指肠活检的电子显微镜首次识别轮状病毒颗粒。病毒的外壳形似车轮（rota在拉丁文中意为"车轮"），因此得名。溯源核心难题：...

序列数: >5000条（全球）报告: 1973年–2024年（全球地方性流行）

戊型肝炎病毒（HEV）基因型1-4

戊型肝炎病毒（HEV）基因型1-41955-至今系统发育分析、血清流行病学调查、实验感染研究

戊型肝炎病毒全球溯源

案例背景1955年12月，印度新德里暴发大规模急性黄疸型肝炎——累计>2.9万例。最初被认定为甲型肝炎暴发，但1978-1980年Khuroo和Wong等分别对1978年克什米尔HEV暴发和1955年新德里存档血清的回顾性检测发现——患者抗HAV IgM均为阴性，确认了新型"非甲非乙"肠道传播肝炎。...

序列数: >2000条（四种基因型）报告: 1955年–2024年

辛诺柏病毒（SNV）

辛诺柏病毒（SNV）1993流行病学调查、RT-PCR、鹿鼠血清学调查、生态学变量监测

汉坦病毒溯源：1993年美国四角地

案例背景1993年5月，美国新墨西哥州四角地（Four Corners）——纳瓦霍保留地——一名19岁男性运动员在数小时内从"流感样"症状进展至急性呼吸窘迫综合征（ARDS）并死亡。至8月共报告24例类似病例（CFR约50%）。起初病因完全不明——美国CDC、新墨西哥州卫生部和印第安人卫生服务署紧急...

序列数: 约100条（1993年四角地）；>100条（其他汉坦病毒）报告: 1993年5月–1993年12月

甲型H3N2流感病毒（A/H3N2）

甲型H3N2流感病毒（A/H3N2）1968流行病学调查、全基因组系统发育分析、抗原分析、血清考古学

1968年 H3N2 香港流感大流行溯源

案例背景1968年7月，香港暴发异常规模的流感样病例聚集。香港流感参考中心从患者样本中分离出一种新型甲型流感病毒——H3N2。这是20世纪第三次流感大流行（1957年"亚洲流感"H2N2之后仅11年）。疫情在4个月内席卷全球，全球累计死亡约100万人（多模式估计：50万-200万）。与前两次大流行（...

序列数: >5000条（全球H3N2）报告: 1968年7月–1969年12月

西尼罗病毒（WNV）

西尼罗病毒（WNV）1999流行病学调查、全基因组系统发育分析、鸟类死亡监测、蚊媒监测

西尼罗病毒北美溯源：1999年纽约

案例背景1999年8月，美国纽约皇后区报告多例不明原因脑炎住院病例——患者多为老年人，表现为发热、意识障碍、肌无力。同期，布朗克斯动物园和纽约市多只乌鸦（Corvus brachyrhynchos）不明原因死亡。纽约市卫生局初步怀疑圣路易斯脑炎（美国本土虫媒病毒）。至9月CDC通过病毒分离确认病原为...

序列数: >100条（1999美国株）；>500条（全球）报告: 1999年8月–1999年10月

裂谷热病毒（RVFV）

裂谷热病毒（RVFV）1930-至今流行病学调查、遥感生态学分析、血清学监测、病毒分离

裂谷热东非溯源

案例背景裂谷热（Rift Valley fever）是非洲最严重的蚊媒人畜共患病之一——1930年在肯尼亚大裂谷地区首次从流产绵羊中分离出RVFV。该病毒主要感染牲畜（绵羊、山羊、牛），造成流产风暴和新生畜高死亡率。人类感染主要通过接触染疫动物血液/组织或蚊虫叮咬，重症可进展为出血热、脑炎或视网膜病...

序列数: <100条（人类）；<200条（牲畜/蚊媒）报告: 1930年–2007年（数次重大暴发）

克里米亚-刚果出血热病毒（CCHFV）

克里米亚-刚果出血热病毒（CCHFV）1944-至今流行病学调查、系统发育分析、蜱虫生态学监测、血清学回溯

克里米亚-刚果出血热溯源

案例背景克里米亚-刚果出血热（CCHF）是全球分布范围最广的蜱传病毒性出血热——从东欧、中东、中亚到非洲和中国新疆都有暴发记录。1944年在克里米亚半岛的苏联士兵中首次识别（称为"克里米亚出血热"），1967年确认病原与1956年刚果分离株为同一种病毒——命名为克里米亚-刚果出血热病毒（CCHFV）...

序列数: >200条（全球）报告: 1944年–2024年（散发和季节性暴发持续）

黄热病毒（YFV）

黄热病毒（YFV）2015-2016流行病学调查、系统发育分析、疫苗覆盖率分析、蚊媒监测

黄热病安哥拉疫情溯源：2015-2016年

案例背景2015年12月，安哥拉首都罗安达Viana区报告一例发热-黄疸-出血综合征死亡病例——经确认病原为黄热病毒。这是安哥拉自1988年以来首次大规模黄热暴发，也是黄热病数十年历史中首次在非洲超大城市（罗安达人口>700万）的密集城区暴发。疫情在2016年达峰值，共报告4306例疑似病例，376...

序列数: 约50条（2015-2016安哥拉株）报告: 2015年12月–2016年12月

猴痘病毒（MPXV）Clade IIb

猴痘病毒（MPXV）Clade IIb2017-至今流行病学调查、全基因组系统发育分析、啮齿动物采样、血清学回溯

猴痘病毒尼日利亚溯源：2017年

案例背景2017年9月，尼日利亚疾控中心（NCDC）接到通知：巴耶尔萨州一名11岁男童出现全身水疱脓疱疹、发热、淋巴结肿大——这是尼日利亚自1978年以来首次确认猴痘病例。值得注意的是，尼日利亚在天花根除（1980年）后就停止了大规模天花疫苗接种——1980年后出生人口对正痘病毒完全易感。2017-...

序列数: >500条（全球2022-2023）；>50条（2017-2018尼日利亚）报告: 2017年9月–至今（持续流行）

严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）

严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）2019-2020流行病学调查、全基因组系统发育分析、宏基因组测序、环境采样

SARS-CoV-2 早期溯源：2019-2020年

案例背景2019年12月，中国武汉出现不明原因病毒性肺炎聚集性病例，多数与华南海鲜批发市场有直接或间接关联。2020年1月7日中国CDC确认病原为一种新型冠状病毒，1月30日WHO宣布PHEIC，3月11日定性为大流行。截至2024年全球累计确诊>7.7亿例，死亡>700万例——是1918年西班牙流...

序列数: >1500万条（全球）；>100条（早期武汉株）；>50条（蝙蝠RaTG13等同源株）报告: 2019年12月–2020年3月（大流行）

甲型H7N9禽流感病毒（A/H7N9）

甲型H7N9禽流感病毒（A/H7N9）2013-至今流行病学调查、全基因组系统发育分析、活禽市场监测、猪血清学调查

H7N9 禽流感溯源：2013年中国

案例背景2013年2-3月，中国上海、安徽和浙江相继报告不明原因重症肺炎病例——患者多为老年人，有活禽接触史。3月31日中国疾控中心确认病原为一种新型重配H7N9禽流感病毒。这是人类历史上首次记录到H7亚型禽流感病毒（此前仅散发结膜炎的人感染H7报告）导致严重下呼吸道感染和高致死率。截至2023年，...

序列数: >1500条（人类和禽类）报告: 2013年2月–2013年5月（第一波）

基孔肯雅病毒（CHIKV）

基孔肯雅病毒（CHIKV）2005-2006流行病学调查、全基因组系统发育分析、蚊媒感染实验

基孔肯雅热印度洋溯源：2005-2006年

案例背景2005年2月，科摩罗群岛报告基孔肯雅热暴发——这是印度洋地区首次记录到大规模流行。随后疫情沿贸易和旅游路线扩散至留尼汪岛、毛里求斯、塞舌尔，峰值在留尼汪岛感染率高达全岛人口的34%（约26.6万人）。2006年疫情传入印度（>140万例），2007年传入意大利（本地传播首例欧洲报告）。溯源...

序列数: >200条（印度洋谱系）报告: 2005年2月–2006年12月

登革病毒（DENV）1-4型

登革病毒（DENV）1-4型1940年代-至今系统发育地理学分析、分子钟推算、历史档案回溯、血清学监测

登革热全球扩散溯源

案例背景登革热是全球传播最广的虫媒病毒病——每年约3.9亿感染（9600万有症状），128个国家有本地传播，约40亿人生活在风险区。四种血清型（DENV-1至4）均可引起从自限性发热到致死性登革休克综合征的广谱临床表现。登革的全球扩散是第二次世界大战、城市化、全球化贸易的"无意杰作"。溯源核心难题：...

序列数: >10000条（四种血清型）报告: 约1940年–2024年（持续流行）

拉沙病毒（LASV）

拉沙病毒（LASV）1969流行病学调查、病毒分离、啮齿动物生态学调查、系统发育分析

拉沙热溯源：1969年尼日利亚

案例背景1969年1月，尼日利亚东北部拉萨镇（Lassa）的一名美国传教士护士Laura Wine出现发热、咽痛和进行性出血症状，转运至乔斯医院后死亡。两周后，护理她的两名护士相继发病，其中一人死亡。耶鲁大学Arborvirus研究部从死亡护士的血液中分离出一种新型沙粒病毒，以拉萨镇命名为拉沙病毒（...

序列数: >100条（人类）；>200条（啮齿动物）报告: 1969年1月–1969年3月

亨德拉病毒（HeV）

亨德拉病毒（HeV）1994流行病学调查、病毒分离、血清学筛查、果蝠种群监测

亨德拉病毒溯源：1994年澳大利亚

案例背景1994年9月，澳大利亚昆士兰州布里斯班郊区亨德拉（Hendra）镇，一名驯马师和他的14匹赛马在两周内相继出现急性呼吸道症状并死亡。驯马师本人在接触病马口鼻分泌物后发病，虽幸存但留下永久性脑损伤。病原从病马肺组织中分离确认为一种新型副黏病毒——命名为亨德拉病毒。溯源核心难题：马既不携带类似...

序列数: <50>100条（果蝠）报告: 1994年9月–1995年1月

甲型H5N1禽流感病毒（A/H5N1）

甲型H5N1禽流感病毒（A/H5N1）1997流行病学调查、全基因组系统发育分析、活禽市场监测、血清学调查

H5N1 禽流感溯源：1997年香港

案例背景1997年5月，香港一名3岁男童因流感样症状入院，5天后死于急性呼吸窘迫综合征、Reye综合征和多器官衰竭。常规流感检测无法定型，荷兰伊拉斯谟医学中心和美国CDC先后确认分离株为甲型H5N1禽流感病毒——这是人类历史上首次记录到纯禽源流感病毒直接感染并致死人类。11-12月香港又出现17例确...

序列数: 约50条（1997香港）；全球累计>1000条（H5N1）报告: 1997年5月–1997年12月

尼帕病毒（NiV）

尼帕病毒（NiV）1998-1999流行病学调查、血清学筛查、病毒分离、果蝠生态学调查

尼帕病毒马来西亚疫情溯源

案例背景1998年9月，马来西亚霹雳州和森美兰州的养猪场工人开始出现发热、头痛、意识障碍等脑炎症状。疫情至1999年5月被扑灭，累计报告265例人感染，105例死亡（CFR ~40%）。为阻断疫情，马来西亚政府下令扑杀超过100万头猪——占全国生猪存栏的近一半。病原最终确认为一种新型副黏病毒，以首次...

序列数: 约100条（人类）；约50条（猪）；>30条（果蝠）报告: 1998年9月–1999年5月

马尔堡病毒（MARV）

马尔堡病毒（MARV）1967流行病学调查、病毒分离、绿猴溯源追踪、血清学回溯

马尔堡病毒溯源：1967年实验室疫情

案例背景1967年8月，德国马尔堡和法兰克福以及南斯拉夫贝尔格莱德三地的实验室工作人员同时出现不明原因高热、出血和休克。共32人感染，7人死亡（CFR 22%）。所有感染者均曾接触从乌干达进口用于脊髓灰质炎疫苗生产的非洲绿猴（Chlorocebus aethiops）或猴肾细胞培养物。这是人类历史上...

序列数: 约50条（1967年）；后续非洲暴发累计>200条报告: 1967年8月–1967年9月

中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）

中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）2012-至今流行病学调查、血清学回溯、系统发育分析、病毒分离

MERS-CoV 中东溯源

案例背景2012年4月，约旦扎尔卡一家医院报告了不明原因肺炎聚集性病例（后经回顾确认）。2012年6月，沙特阿拉伯吉达一名60岁男性死于严重肺炎和肾衰竭，荷兰伊拉斯谟医学中心从其痰液中分离出一种新型冠状病毒，命名为MERS-CoV。截至2024年，全球27个国家累计报告约2600例确诊病例，死亡率高...

序列数: >500条（人类）；>300条（单峰骆驼）报告: 2012年4月–至今（散发持续）

甲型H1N1流感病毒（A/H1N1 pdm09）

甲型H1N1流感病毒（A/H1N1 pdm09）2009流行病学调查、全基因组系统发育分析、猪群回顾性血清学调查

2009年 H1N1 猪流感大流行溯源

案例背景2009年3-4月，墨西哥韦拉克鲁斯州和墨西哥城相继出现异常增多的流感样病例和重症肺炎，其中部分年轻健康成人迅速进展至ARDS。4月15日和17日，美国CDC分别从加州两名儿童呼吸道样本中确认一种新型H1N1流感病毒。WHO于6月11日宣布流感大流行——这是41年来首次。疫情至2010年8月...

序列数: >10000条（人类）；>1000条（猪流感病毒参考株）报告: 2009年3月–2010年8月