案例背景
2018年12月,山东青岛一名53岁的女性农民因发热就诊。体温超过38°C,同时有头痛、乏力、咳嗽、肌肉酸痛和淋巴结肿大。常规病原体检测全部阴性。医生按"不明原因发热"收治入院,在她的咽拭子样本上做了宏基因组测序。
这不是孤立事件。2018年4月到2021年8月,山东青岛和河南信阳的三个哨点医院陆续收治了35名类似患者——急性发热,近期有动物接触史。26人排除了所有已知病原体感染。没人死于这次疫情。但这35人分布在两省不同县区,没有共同暴露史,时间跨度超过三年,大多数是农民(85%)。病原体是什么、从哪里来、怎么跳到人身上的——成了摆在研究者面前的三个核心问题。
溯源过程
| 时间 | 事件 | 方法 | 结论 |
|---|---|---|---|
| 2018年4月 | 三个哨点医院启动发热患者主动监测(青岛第六人民医院、信阳商城人民医院、信阳解放军990医院) | 哨点监测:入组标准为体温≥38°C且1个月内有动物接触史 | 建立人畜共患病前瞻性筛查网络 |
| 2018年12月 | 首例患者(P1,53岁女性农民)咽拭子送宏基因组测序 | Illumina NovaSeq 6000测序,MEGAHIT组装,BLAST比对NT/NR数据库 | 发现一条与墨江病毒亲缘最近的新型亨尼帕病毒序列,全长18,402 nt |
| 2019年1-6月 | 基于首例发现的L基因序列设计TaqMan探针RT-PCR,回溯筛查哨点医院留存样本 | 实时RT-PCR初筛,巢式PCR+Sanger测序验证 | 2019年累计检出14例单感染患者(含5-10月后续检出病例),分布于青岛和信阳 |
| 2019-2020年 | 在Vero细胞上接种P1血清和咽拭子样本,连续传代培养 | 病毒分离(Vero、A549、BHK-21细胞系),IFA检测细胞中病毒抗原 | 成功分离出LayV活病毒,建立间接免疫荧光抗体检测方法 |
| 2019-2021年 | 在患者居住地周围捕获25种小型野生动物3380只,采集459只家畜血清 | 小型野生动物:RT-PCR检测组织、肠道内容物和尿液RNA;物种鉴定:线粒体cyt b基因测序。家畜:IFA检测血清IgG抗体 | 山东短尾鼩(Crocidura lasiura)阳性率52.1%(63/121),北小麝鼩(C. shantungensis)20.0%(8/40);山羊2%、犬5%血清阳性 |
| 2020年9月-2021年5月 | 对9名确诊患者的15名家庭密切接触者进行追踪调查和采样检测 | 流行病学问卷调查+RT-PCR检测+血清学检测 | 无一人感染,未发现人传人证据 |
| 2021年8月 | 哨点监测结束,汇总分析全部数据 | 系统发育分析(RAxML最大似然法,LG+G+F模型,1000次bootstrap),血清转化分析(急性期与恢复期配对血清) | LayV在系统树上与墨江病毒聚为一支;86%康复期血清IgG滴度升高≥4倍;肺炎患者病毒载量显著高于非肺炎患者(P<0.001) |
| 2022年8月3日 | 研究结果在《新英格兰医学杂志》发表 | 完整基因组序列提交GenBank(OM101125-OM101130,OM069567-OM069646) | 正式命名Langya henipavirus(LayV),确认其为已知唯一经鼩鼱传播至人的亨尼帕病毒 |
关键证据链
空间证据
35名确诊患者集中在山东青岛(14人)和河南信阳(12人,另有9人为共感染患者)。两个疫源地相距约500公里,均属华北平原—黄淮海农业地带。患者居住地周边多为农田、果园和低山丘陵,小型哺乳动物密度较高。病例之间没有共同暴露地点——没去过同一个市场、同一家餐馆、同一处工地。空间上的散在分布指向一个广泛存在的环境传染源,而非点源暴发。鼩鼱捕捉位点与患者居住地高度重合。
时间证据
首例回溯至2018年12月(P1),末例检出为2021年5月。三年间每年都有散发病例:2018年1例、2019年14例、2020年4例、2021年7例(仅统计26例单感染者,数据来源:NEJM补充材料Table S2,病例编号P1-P26)。没有发现秋冬季节性高峰,与流感、呼吸道合胞病毒的流行曲线完全不同。时间持续性提示病毒在自然宿主中稳定循环,人类感染属于偶发的溢出事件,不是一次性的跨种传播。
宿主证据
3380只小型野生动物的RT-PCR筛查中,鼩鼱是压倒性的阳性物种。山东短尾鼩(C. lasiura)阳性率52.1%(63/121),远高于任何其他物种。第二名北小麝鼩(C. shantungensis)阳性率20.0%(8/40)。啮齿类几乎可以忽略:黑线姬鼠0.6%、小家鼠0.5%。家畜血清阳性率低——山羊2%、犬5%,猪和牛全部阴性——说明家畜只是偶然的溢出宿主,不是维持宿主。鼩鼱的高感染率、跨年度持续检出,以及从5只阳性鼩鼱中成功获得LayV全基因组序列,构成了宿主证据的核心。
分子证据
从患者P1咽拭子中组装出全长18,402核苷酸的完整病毒基因组,基因组结构为3'-N-P-M-F-G-L-5',与其他亨尼帕病毒一致。基于L蛋白完整氨基酸序列的最大似然系统发育树将LayV置于亨尼帕病毒属内,与2012年云南墨江废弃矿洞中发现的墨江病毒(MojV)亲缘最近。患者来源序列与鼩鼱来源序列在系统树上高度聚集(患者标记为红色、鼩鼱标记为蓝色),核苷酸差异极小。14名患者的配对血清中,86%的康复期IgG滴度升高4倍以上。肺炎患者的病毒载量显著高于非肺炎患者(均值7.64 vs 4.52 log10 copies/mL,P<0.001)。序列一致性、血清转化、剂量效应关系——三项证据共同确认LayV是这组发热病例的致病病原体。
方法论价值
这次溯源是"哨点监测驱动发现"的典型案例。三个关键技术发挥了决定性作用。宏基因组测序在不预设候选病原体的情况下从临床样本中捕获到全新病毒——这正是本网站方法论栏目中"宏基因组测序在病毒发现与溯源中的应用"一文阐述的核心策略。系统发育分析(RAxML最大似然法)精准定位了LayV在副黏病毒科中的分类地位,将其与2012年云南墨江病毒建立演化联系。血清学调查(IFA)和分子检测(TaqMan RT-PCR+巢式PCR+Sanger测序)构成了"筛查-验证"双层体系。病毒分离则提供了活病毒材料用于后续功能研究。这套"测序发现→系统发育定位→血清学筛查→宿主追踪"的四步流程,为新发传染病溯源提供了一个可复用的模板。哨点监测的入组标准——"发热+动物接触史"——成本极低但捕获效率很高,值得在其他人畜共患病高危地区推广。
FAQ
琅琊病毒是怎么从动物传到人身上的?
目前认为是通过接触感染的鼩鼱或其排泄物传播。大多数患者是农民,日常在田间、果园劳作,与鼩鼱栖息地高度重叠。具体的传播途径(咬伤、气溶胶还是粪口)还没有实验证实。接触者追踪未发现人传人,但样本量太小(9名患者15名家属),不能完全排除人传人的可能性。
琅琊病毒和尼帕病毒是同一个病毒吗?
不是。两者同属亨尼帕病毒属(Henipavirus),但在系统发育树上处于不同分支。LayV与云南墨江病毒亲缘最近,而非尼帕病毒或亨德拉病毒。LayV的附着糖蛋白(G蛋白)不结合已知的ephrin-B2/B3受体,说明它使用了不同的入胞机制。这对药物和疫苗开发有直接影响——针对尼帕病毒受体的阻断策略对LayV可能无效。
琅琊病毒有疫苗吗?
目前没有获批疫苗。LayV病例总数少(35例)、零死亡、无人传人,商业疫苗开发动力不足。但已有研究团队解析了LayV融合蛋白和附着糖蛋白的晶体结构,为疫苗抗原设计提供了基础。考虑到亨尼帕病毒属的高致病潜力,世界卫生组织已将亨尼帕病毒列入优先研发蓝图。
除了中国,琅琊病毒还在哪些国家被发现?
2025年韩国研究团队报告在春川市捕获的山东短尾鼩中检出LayV,肾组织阳性率12.5%(3/24)。回查2017年存档样本也检出了LayV序列。5条完整的LayV Korea基因组与中国株约有80%核苷酸同源性、95.5%氨基酸同源性。这是中国以外的首次报告。山东短尾鼩的分布范围从中国东部一直延伸到朝鲜半岛和俄罗斯远东,LayV真实地理范围可能远超目前认知。
琅琊病毒感染怎么诊断?
急性期采用TaqMan探针法实时RT-PCR检测血清或咽拭子中的LayV RNA,阳性结果用巢式PCR+Sanger测序验证。恢复期可用IFA检测血清IgG抗体。目前没有商业诊断试剂盒,检测仅限拥有亨尼帕病毒研究资质的实验室。临床上主要依靠排除法——排除流感、SFTS病毒、汉坦病毒、立克次体等常见发热病原体后再考虑LayV检测。
参考文献
- Zhang XA, Li H, Jiang FC, et al. A Zoonotic Henipavirus in Febrile Patients in China. N Engl J Med. 2022;387(5):470-472. DOI: 10.1056/NEJMc2202705
- Wu Z, Yang L, Yang F, et al. Novel Henipa-like Virus, Mojiang Paramyxovirus, in Rats, China, 2012. Emerg Infect Dis. 2014;20(6):1064-1066. DOI: 10.3201/eid2006.131022
引用本案例
基因溯源数据中心. “琅琊亨尼帕病毒溯源:2022年中国哨点监测发现的新型人畜共患亨尼帕病毒” 溯源案例研究. https://www.jiyinsuyuan.cn/anli/291.html
