第3页_溯源案例研究_基因溯源数据中心

寨卡病毒（ZIKV）

寨卡病毒（ZIKV）2015-2016流行病学调查、系统发育分析、血清学回溯、蚊媒监测

寨卡病毒巴西疫情溯源

案例背景2015年3月，巴西东北部巴伊亚州和北里奥格兰德州开始出现不明原因的皮疹和发热综合征暴发。同年10月，巴西卫生部注意到新生儿小头畸形病例数异常飙升——较往年基线增加超过20倍。2016年2月WHO宣布寨卡相关小头畸形为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）。至2016年底，美洲48个国家和...

序列数: >600条（人类）；>50条（蚊媒）报告: 2015年3月–2016年11月（WHO解除PHEIC）

埃博拉病毒（EBOV, 扎伊尔型）

埃博拉病毒（EBOV, 扎伊尔型）2013-2016流行病学调查、系统发育分析、血清学回溯调查

2014年西非埃博拉疫情溯源

案例背景2013年12月，几内亚东南部梅利扬杜（Méliandou）村一名2岁男童出现发热、呕吐和黑便症状，4天后死亡，成为西非埃博拉疫情的首例指示病例。此后病毒在几内亚、塞拉利昂和利比里亚三国持续扩散，至2016年3月WHO宣布疫情结束，累计报告28646例确诊和疑似病例，11323例死亡（CFR...

序列数: 约1610条报告: 2013年12月–2016年3月

SARS冠状病毒（SARS-CoV）

SARS冠状病毒（SARS-CoV）2002-2003流行病学调查、血清学筛查、系统发育分析、病毒分离培养

SARS-CoV 溯源：2002-2003年广东疫情

案例背景2002年11月，广东佛山出现首例非典型肺炎病例，随后疫情经香港扩散至全球29个国家和地区，累计8096例确诊，774例死亡（CFR ~9.6%）。2003年4月WHO实验室网络确认病原为一种新型冠状病毒——SARS-CoV。溯源核心难题：病原确认后，病毒的自然宿主是谁？果子狸是直接来源还是...

序列数: 约140条（人类）；>100株（蝙蝠）报告: 2002年11月–2003年7月

人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）

人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）1920年代–1981年系统发育分析、分子钟推算、溯祖理论、档案血清学回溯

HIV-1 溯源：从刚果到全球

案例背景1981年6月，美国CDC报告洛杉矶5名男同性恋者出现卡氏肺孢子虫肺炎——这是AIDS流行病的首次临床识别。截至2024年，全球累计约8800万HIV感染者，约4200万AIDS相关死亡。病原HIV是一种逆转录病毒，分为HIV-1和HIV-2两型，全球大流行的主要驱动者为HIV-1 M组。溯...

序列数: 数千条（HIV-1 M组）；数百条（SIVcpz）报告: 约1920年–1981年（首次临床识别）