Eta(B.1.525)
1. 关键突变
B.1.525 的刺突蛋白(S)上叠加了 6 处氨基酸替换和 2 处缺失。这个组合很特殊:既有 Beta、Gamma 标志性的 E484K,又有 Alpha 的两处缺失。
| 基因 | 突变 | 类型 | 功能影响 |
|---|---|---|---|
| S | H69del/V70del | 缺失(NTD) | 与 Alpha 相同的缺失。体外增强细胞进入,与传染力提升相关 |
| S | Y144del | 缺失(NTD) | 直接削掉 NTD 抗原超位点的 N3 环,与抗体逃逸相关 |
| S | Q52R | 氨基酸替换(NTD) | 假病毒实验显示增强细胞进入 |
| S | A67V | 氨基酸替换(NTD) | 紧邻 NTD 抗原超位点,可能改变表位构象 |
| S | E484K | 氨基酸替换(RBD) | RBD 内唯一的谱系突变。削弱恢复期血清和部分单抗的中和能力 |
| S | D614G | 氨基酸替换 | 增强感染性。此后几乎所有谱系固定携带 |
| S | Q677H | 氨基酸替换 | 紧邻弗林蛋白酶切位点,可能影响 S1/S2 切割 |
| S | F888L | 氨基酸替换(S2) | Eta 独有标记。可能协同影响膜融合效率 |
| ORF1ab | L4715F | 氨基酸替换 | 谱系定义突变 |
| E | L21F、I82T | 氨基酸替换 | 包膜蛋白上的谱系定义突变 |
RBD(第 319 至 541 位)里只有 E484K 一处。剩下的突变全挤在 NTD 和 S2 上。
2. 命名由来
Pango 命名规则与归属
Pango 命名是层级式的。B.1 是 2020 年全球流行的主干谱系之一,B.1.525 是它下面直接分出的子分支,编号 525。GISAID 里最早的序列采于 2020 年 12 月 15 日,来自英国。
这个名字 2021 年 2 月进入公众视野。英国公共卫生署(PHE)先把它列为待调查变异株 VUI-202102/03。后来改成 VUI-21FEB-03,早期内部还用过 UK1188。
与亲本谱系的区别
跟亲本 B.1 相比,它多出 8 处 S 蛋白变化,加上 ORF1ab L4715F 等定义突变。一句话,这是个带着 VOC 级突变组合、却始终没升成 VOC 的谱系。
各体系的叫法
2021 年 3 月 17 日,WHO 把 B.1.525 列为 VOI。5 月 31 日,希腊字母命名方案落地,它拿到 Eta 这个名字。9 月中旬,病毒进化工作组评估后把它移出 VOI。归入前 VOI 的决定写在 9 月 21 日的周报里。
Nextstrain 最早叫它 20A/S:484K,2021 年 3 月定名 21D,父支是 20A。GISAID 里叫 G/484K.V3。
3. 特征解读
核心就三样:E484K、69/70del、144del。E484K 在 Beta、Gamma、Zeta 里都出现过。它被反复证明会削弱恢复期血清和部分单抗的中和能力。69/70del 是 Alpha 的招牌缺失,跟传染性提升有关。144del 削掉 NTD 抗原超位点的一环。
它没有 N501Y。这是跟 Alpha、Beta、Gamma 最本质的区别,也是它没拿到 VOC 头衔的原因之一。
值得多看一眼的是 F888L。这个 S2 区突变在 2021 年初的知名变异株里几乎见不到,算 Eta 的独有标记。
跟同类比:对 Beta 和 Gamma,它有 69/70del,没有 K417N/T;对 Alpha,它有 E484K,没有 N501Y;对 Iota,它多了 69/70del 和 144del。CDC 当年评估,E484K 可能让部分紧急授权单抗的中和作用下降。
4. 全球分布
截至 2021 年 8 月 27 日,GISAID 追踪页累计记录 71 国 7,129 条 Eta 序列。WHO 2021 年 9 月周报的口径是 81 国。
| 国家/地区 | 序列数 | 占比 | 趋势 |
|---|---|---|---|
| 加拿大 | 1,403 | 19.7% | 以输入为主,2021 年 6 月后基本没有新报告 |
| 美国 | 1,184 | 16.6% | 2021 年春达峰,之后迅速消退 |
| 德国 | 738 | 10.4% | 3 至 4 月是检出高峰,6 月后消失 |
| 法国 | 686 | 9.6% | 同德国,春季后清零 |
| 丹麦 | 613 | 8.6% | 1 月中至 2 月下旬密集检出 113 例,7 例与尼日利亚旅行直接相关 |
| 英国 | 517 | 7.3% | 全程低水平,从没接近过 Alpha |
| 意大利 | 397 | 5.6% | 春季检出为主 |
| 尼日利亚 | 255 | 3.6% | 采样严重不足,真实流行度被低估 |
| 其他 63 国 | 1,336 | 18.7% | 零星检出 |
尼日利亚的数字不能当真。Ozer 团队 2022 年的研究给出另一组数。2021 年 1 月到 4 月,尼日利亚本土测序里 46% 是 Eta,Alpha 只有 32%。Eta 在正面竞争里把 Alpha 挤了下去。西非邻国马里的同期样本里,81% 是 Eta。非洲序列在 GISAID 里本来就少,占比被稀释了。
月度趋势看 cov-spectrum 的开放数据:1 月 247 条,2 月 509 条,3 月冲到 1,106 条。4 月 1,024 条,5 月掉到 510 条,6 月只剩 121 条。全球峰顶在 2021 年 3 月。Delta 一来,它基本没了。
5. 传播力评估
相对增长优势
增长优势是区域性的。在尼日利亚和西非,Eta 的增长明显快过 Alpha,一度是当地主力。放到欧美,它始终打不过 Alpha,更别说后来的 Delta。没有证据显示它有全球级的传播优势。
免疫逃逸能力
免疫逃逸是它真正的本事。假病毒实验里,Eta 的 S 蛋白让恢复期血清的中和效力明显下降。mRNA 疫苗两针后的血清仍然压得住。主要贡献来自 E484K,144del 顺带削弱 NTD 抗体。
临床严重性
没有证据说它更凶。Oyo 州的数据里,Alpha、Eta、Delta 感染者的 Ct 值没有显著差异。病毒载量差不多。WHO 最后把它降级,理由就是传播力和公共卫生影响不再满足 VOI 标准。
这个谱系的教训不在它自己身上。它在西非藏了几个月,长成区域主力,全球监测才慢慢看清楚。测序资源分布不均,这才是它留下的公共卫生课题。
参考文献
- Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, du Plessis L, Pybus OG. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nature Microbiology. 2020;5(11):1403-1407. DOI: 10.1038/s41564-020-0770-5
- Ozer EA, Simons LM, Adewumi OM, Fowotade AA, Omoruyi EC, Adeniji JA, Olayinka OA, Dean TJ, Zayas J, Bhimalli PP, et al. Multiple expansions of globally uncommon SARS-CoV-2 lineages in Nigeria. Nature Communications. 2022;13(1):688. DOI: 10.1038/s41467-022-28317-5
- Jangra S, Ye C, Rathnasinghe R, Stadlbauer D, Alshammary H, Amoako AA, et al. SARS-CoV-2 spike E484K mutation reduces antibody neutralisation. The Lancet Microbe. 2021;2(7):e283-e284. DOI: 10.1016/S2666-5247(21)00068-9
- Meng B, Kemp SA, Papa G, Datir R, Ferreira IATM, Marelli S, et al. Recurrent emergence of SARS-CoV-2 spike deletion H69/V70 and its role in the Alpha variant B.1.1.7. Cell Reports. 2021;35(13):109292. DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109292
- Delli Compagni E, Mangone I, Bonfini B, Di Gennaro A, Teodori L, Leone A, et al. Whole-Genome Sequences of SARS-CoV-2 Lineage B.1.525 Strains (Variant η) Detected from Patients in the Abruzzo Region (Central Italy) during Spring 2021. Microbiology Resource Announcements. 2021;10(31):e00618-21. DOI: 10.1128/mra.00618-21
