Acrux(XBB.2.3)
1、关键突变
| 基因 | 突变 | 类型 | 功能影响 |
|---|---|---|---|
| S | D253G | NTD 替代 | 重塑 NTD 超位点抗原构象,此前曾见于 Iota(B.1.526)变异株。Lambda(C.37)在该区域为 Δ246-252 缺失及 D253N 替代,而非 D253G。该突变可能介导抗体逃逸 |
| S | S486P | RBD 替代 | 将 XBB 父本的 F486S(苯丙氨酸→丝氨酸)进一步替换为脯氨酸。Wuhan-Hu-1 参考株第 486 位为苯丙氨酸(F),因此 S486P 并非"回退"至原始序列,而是走向全新的氨基酸,却意外获得了更强的 ACE2 受体结合亲和力,是 XBB.2.3 获得传播优势的核心驱动突变 |
| S | P521S | RBD 替代 | 位于 RBD 内(残基 333–527),靠近 RBD–SD1 交界区域,可能影响刺突蛋白构象动态及膜融合效率 |
| S | R346T | RBD 替代 | XBB 家族共有;显著降低中和抗体识别,是免疫逃逸关键热点位点 |
| S | N460K | RBD 替代 | XBB 家族共有;增强 ACE2 结合亲和力,补偿其他免疫逃逸突变带来的亲和力损失 |
| S | G339H、L368I、V445P、G446S、F490S、R493Q | RBD 替代 | XBB 家族共有 RBD 突变集,协同增强免疫逃逸与受体结合 |
| ORF1a | G2091S | 非结构蛋白替代 | 位于 NSP3 区域,具体功能影响尚待阐明 |
| ORF7a | A13V | 辅助蛋白替代 | 可能影响病毒组装、释放及宿主免疫调节 |
2、命名由来
XBB.2.3 遵循 Pango 动态命名规则。它的亲本 XBB 是 BJ.1(BA.2.10.1 子代)与 BM.1.1.1(BA.2.75 子代)在 2022 年夏季发生的重组产物。这也是首个通过重组而非单纯点突变积累获得显著适合度提升的 SARS-CoV-2 变异株。XBB 对应 Nextstrain 分支 22F。
XBB 分出 XBB.1 和 XBB.2 两大分支。XBB.2 获得了 S:D253G 突变。随后 XBB.2.3 在 XBB.2 基础上进一步取得 S:S486P 和 S:P521S,构成独立亚谱系,对应 Nextstrain 分支 23E。
绰号"Acrux"由加拿大进化生物学家 T. Ryan Gregory 于 2023 年提出,沿用其天文星体命名体系:以 A–H 开头的名称表示 BA.2 后代(XBB 亲本之一源自 BA.2),含有字母 R 则提示该谱系来自重组事件。Acrux 即南十字座最亮恒星"十字架二"。
与亲本 XBB 的核心区别:XBB 父本携带 F486S 突变(苯丙氨酸→丝氨酸),XBB.2.3 在此基础上将丝氨酸进一步替换为脯氨酸(S486P)。Wuhan-Hu-1 参考株第 486 位为苯丙氨酸(F),S486P 并非回退至祖先序列,而是走向了一个全新的氨基酸——这种 F→S→P 的三步跃迁路径在自然界极为罕见,提示该位点承受着强烈的正向选择压力。S486P 为 XBB.2.3 带来了比其父本更强的 ACE2 结合能力。
3、特征解读
XBB.2.3 的崛起体现了 Omicron 后代的趋同演化逻辑:通过 RBD 热点位点——尤其是 346、486、456——的反复突变,在免疫逃逸与受体结合之间寻找平衡。
与同期流行的 XBB 姐妹谱系相比,XBB.2.3 未获得 F456L 突变(EG.5.1 和 FL.1.5.1 的关键增长驱动),因此免疫逃逸程度略低于 F456L 系。Faraone 等人的中和实验显示,二价 mRNA 加强针接种者血清对 XBB.2.3 的中和滴度较 BA.4/5 下降约 5.6 倍,优于 EG.5.1 的约 10 倍降幅。BA.4/5 感染康复者血清对两组变异株的中和活性均降至检测下限附近。
XBB.2.3 的 S486P 赋予其与 XBB.1.5 类似的 ACE2 高亲和力,但两者是独立获得该突变的——XBB.1.5 还额外携带 G252V,且其 486P 是在 F486S 基础上的同一替代方向。这种平行演化说明 486P 是 XBB 家族提升传播适应性的关键解之一。细胞融合实验显示 XBB.2.3 的融合活性与同期 XBB 谱系相当,显著低于 D614G 祖先株。临床观察也未见严重程度上升的证据。
4、全球分布
| 地区/国家 | 趋势 |
|---|---|
| 印度 | 最早检出地(2022 年 12 月底),2023 年 Q1–Q2 快速增长,Q3 后被其他谱系替代 |
| 新加坡 | 2023 年 Q2 达峰值后下降;Pung 等(2023)研究显示 XBB.2.3 占该时段测序 XBB 亚谱系感染的 22%(1,305/5,910 例) |
| 美国 | 截至 2023 年 5 月 13 日占比 3.2%,为当时增速最快的谱系之一(倍增时间约 20.3 天),未取代 XBB.1.5 成为主导(CDC MMWR) |
| 菲律宾、泰国等东南亚多国 | 2023 年 Q2 检出增多 |
| 欧洲多国 | 2023 年 1 月起零星检出,各国占比低于 5%,未形成本地优势 |
| 全球 | WHO 第 148 期周报(2023 年 6 月 22 日)录得第 22 周占比约 5.02%,后续随数据完善下修至约 4.3%;2023 年 7 月底 Nextstrain 频率估算全球峰值约 10%,Q3 后被 EG.5.1 等取代。截至 2023 年 11 月,XBB.2.3*(含子谱系)全球累计序列超过 31,000 条,覆盖 104 个国家/地区(WHO) |
5、传播力评估
相对增长优势:XBB.2.3 在印度和东南亚表现出初期扩张趋势。WHO 数据显示其全球占比从第 18 周的 2.37% 持续上升至第 22 周的 5.02%,呈稳定增长态势。但全球范围内其份额在 2023 年 7 月底仅达约 10% 的峰值(Nextstrain 估算),未能如 EG.5.1 或 XBB.1.5 那样取得全球主导。原因之一可能是未获得 F456L——这个在 2023 年夏秋季节推动多支 XBB 后代崛起的决定性突变。在美国,截至 2023 年 5 月 13 日 XBB.2.3 占比为 3.2%,为当时增速最快的谱系之一(倍增时间约 20.3 天)。
免疫逃逸能力:二价 mRNA 疫苗加强后血清对 XBB.2.3 的中和滴度几何均值约为 BA.4/5 的 1/5.6,优于 EG.5.1(约 1/10),但绝对水平仍较低。BA.4/5 或 XBB.1.5 突破感染后的血清——尤其未接种者——几乎无法产生针对 XBB.2.3 的有效中和抗体。单克隆抗体 S309(Sotrovimab 母体抗体)对 XBB.2.3 的 IC50 为 6.1 µg/mL,提示部分保留中和活性。抗原图谱分析显示,XBB.2.3 在抗原空间中与 XBB.1.16 聚类,与 D614G/BA.4/5 的距离约 4–5 个抗原单位(1 AU ≈ 2 倍中和滴度差异)。
临床严重性:目前证据未显示 XBB.2.3 导致疾病严重程度上升。新加坡一项纳入 7,733 例全基因组测序样本的流行病学研究(Pung 等,2023)显示,XBB.2.3 感染者(1,305 例)的住院及重症风险与其他 XBB 亚谱系相当,未见显著差异。印度和东南亚的临床观察报告 XBB.2.3 感染以轻症为主,症状谱与同期 Omicron 谱系一致:咽痛、咳嗽、发热、乏力。没有迹象表明它比先前的 XBB 变异株更危险。
就这样。XBB.2.3 是 XBB 家族中一个值得记录的分支——它见证了刺突蛋白第 486 位点在趋同演化中的核心角色,也为 2023 年末 JN.1 世代的全面登场做了铺垫。
参考文献
- Faraone JN, Qu P, Goodarzi N, et al. Immune evasion and membrane fusion of SARS-CoV-2 XBB subvariants EG.5.1 and XBB.2.3. Emerging Microbes & Infections. 2023;12(2):2270069. DOI: 10.1080/22221751.2023.2270069
- Cobar O, Cobar S. XBB.2.3, Prevalence, Structural, Genomic, and Pathogenic Properties. Medical Research Archives. 2023;11(7.2). DOI: 10.18103/mra.v11i7.2.4137
- Tamura T, Ito J, Uriu K, et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants. Nature Communications. 2023;14(1):2800. DOI: 10.1038/s41467-023-38435-3
- Ma KC, Shirk P, Lambrou AS, et al. Genomic Surveillance for SARS-CoV-2 Variants: Circulation of Omicron Lineages — United States, January 2022–May 2023. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2023;72(24):651-656. DOI: 10.15585/mmwr.mm7224a2
- Pung R, Kong XP, Cui L, et al. Severity of SARS-CoV-2 Omicron XBB subvariants in Singapore. Lancet Reg Health West Pac. 2023;37:100849. DOI: 10.1016/j.lanwpc.2023.100849
