Freyja废水变异株解卷积——基于等位基因频率的群体变异监测
原理废水基因组监测的基本思路不复杂：感染者排出含有病毒核酸的粪便和呼吸道分泌物，这些核酸进入下水道后混合在一起，形成一份"全社区"的病毒池。传统的废水测序只能告诉你"这里面有多少SARS-CoV-2 RNA&q...
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Stratus（XFG）
关键突变基因突变类型功能影响Spike (NTD)S31P错义突变丝氨酸→脯氨酸，引入刚性环结构，改变NTD局部构象Spike (NTD)K182R错义突变赖氨酸→精氨酸，两者均为碱性氨基酸，电荷不变但侧链长度不同，可能影响NTD抗体表位S...
趋同进化
不同病毒谱系在相似的选择压力下，独立选中同一个氨基酸位点，发生相同方向的突变：这种现象就叫趋同进化。在SARS-CoV-2流行期间，N501Y突变先后在Alpha、Beta、Gamma和Omicron中独立出现，成了教科书级别的案例。同样的...
Cicada（BA.3.2）
关键突变基因突变类型功能影响Spike (RBD)约20个氨基酸替换错义突变改变受体结合域构象，降低中和抗体识别效率；与ACE2亲和力可能发生变化Spike (NTD)约35个氨基酸替换及缺失错义突变/缺失N端结构域是多数中和抗体的辅助靶点...
BA.2.75.2
关键突变BA.2.75.2 是 Centaurus（BA.2.75）的亚系，核心特征是 Spike 蛋白 R346T 突变。该突变位于 RBD 的受体结合基序边缘，在多种变异株中独立出现（如 BQ.1.1、XBB.1.5），提示其具有选择优...
HV.1
关键突变HV.1 是 XBB 谱系的重组后代，继承了 XBB.1.5 和 XBB.1.9.1 的遗传特征。其核心突变集中在 Spike 蛋白 RBD 区域。基因突变类型功能影响SpikeF486P错义逃逸RBD class 1和class ...
Omicron（BA.1）
关键突变BA.1 在 Spike 蛋白上携带约30个氨基酸突变，是当时已知突变最多的 SARS-CoV-2 变异株。其中 RBD 区域就有15个突变。基因突变类型功能影响SpikeN501Y错义增强与ACE2受体结合亲和力SpikeK417...
Nextclade——病毒基因组突变谱与谱系一键分型
原理拿到一条病毒基因组序列，第一个问题往往是：它属于哪个谱系、带了哪些突变？Nextclade 就是干这个的。它把_query_序列跟参考基因组做比对，逐个位置找出核苷酸和氨基酸层面的差异，再根据这些突变给出 Pango 谱系分类。跟 Pa...
XBB.1.9.1
关键突变XBB.1.9.1 的核心特征是 Spike 蛋白 F486P 突变。F486 位于 RBD 的受体结合基序（RBM）中心，是中和抗体的主要靶点之一。F486P 突变使病毒能够逃逸 RBD class 1 和 class 2 中和抗...
KQ.1
关键突变KQ.1 在 JN.1 基础上获得了 Spike 蛋白 R346T 突变，这是该谱系的定义性特征。R346 位于受体结合域（RBD）的受体结合基序（RBM）边缘，该位点在多种冠状病毒中保守。R346T 突变使病毒能够逃逸部分针对 R...