同义突变
Synonymous Mutation
定义：
同义突变（synonymous mutation）是指编码区核苷酸替换不改变所编码氨基酸的突变，又称沉默突变（silent mutation）。尽管不改变蛋白序列，同义突变并非完全中性——它可以通过影响密码子偏好性、mRNA二级结构稳定性和翻译速率来间接改变蛋白表达水平，从而影响病毒适应度。在病毒进化分析中，dN/dS比值是检测自然选择压力的经典方法。
1968年Kimura提出分子进化的中性理论，预言同义突变（不改变氨基酸）应在群体中以接近中性速率固定——这一假说彻底改变了进化生物学。SARS-CoV-2基因组中存在大量同义突变，其分布不均揭示了对特定密码子的偏好性选择。在Omicron等快速演化谱系中，部分同义突变因连锁不平衡与关键S蛋白突变同时固定，即使功能中性也在分子流行病学中成为追踪传播链的有用标签。