HyPhy选择压力分析——病毒适应性进化的dN/dS全谱检测流程
原理病毒蛋白编码基因在宿主免疫、抗病毒药物和跨种传播三重压力下发生适应性进化。鉴定哪些氨基酸位点受到了正选择（dN/dS > 1）还是净化选择（dN/dS < 1），是理解病毒溯源中关键分子事件的前提。HyPhy 在一个统一的系统发育框架下...
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dN/dS 比值
dN/dS 比值dN/dS 比值是衡量蛋白质编码基因所受选择压力的核心参数，度量非同义替换率与同义替换率的相对大小。这一框架由 Miyata 和 Yasunaga 于 1980 年建立，他们首次将核苷酸替换区分为 KA（非同义）与...
SADS-CoV 猪急性腹泻综合征冠状病毒溯源
案例背景2016年10月，中国广东省清远市一家大型养猪场暴发新生仔猪急性严重腹泻——出生2-6天的仔猪在数小时内出现剧烈水样腹泻和呕吐，病死率接近100%。最初怀疑为流行性腹泻病毒（PEDV）或猪德尔塔冠状病毒（PDCoV），但常规RT-P...
同义突变
1968年Kimura提出分子进化的中性理论，预言同义突变（不改变氨基酸）应在群体中以接近中性速率固定——这一假说彻底改变了进化生物学。SARS-CoV-2基因组中存在大量同义突变，其分布不均揭示了对特定密码子的偏好性选择。在Omicron...