分子钟
Molecular Clock
定义：
分子钟（molecular clock）假说认为DNA或蛋白质序列的进化速率在进化时间内大致恒定，因此两序列之间的遗传差异可以作为它们从共同祖先分化以来的时间度量。在病毒溯源中，分子钟被用于推算不同谱系的分化时间和最近共同祖先（tMRCA）的日期。现代贝叶斯分子钟模型允许不同分支之间进化速率的异质性，大幅提高了溯源时间估算的准确性。
1962年Zuckerkandl与Pauling在比较不同物种的血红蛋白氨基酸序列时发现氨基酸替换数目与物种分化时间近乎线性相关，首次提出"分子钟"术语。2008年驰名科学界的慢病毒分子钟推算案例表明，HIV-1 M组最近共同祖先约在1908年左右（95% CI: 1884-1924），推翻了"艾滋病起源于1950年代脊髓灰质炎疫苗污染"的假说。该方法是确认COVID-19人传人聚集性、追溯蝙蝠冠状病毒跨物种时间窗口的最有力工具。