TempEst分子钟检验——病毒序列时间信号评估与异常检测
原理TempEst对导入的ML树做root-to-tip回归：以最古老序列为根，计算每个序列到根的遗传距离（替代/位点），然后线性回归遗传距离~采样日期。正的斜率=进化速率估值（替代/位点/年），R²>0.3通常视为足够时间信号支持分子钟分...
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BEAST贝叶斯分子钟定年——病毒溯源时间标定方法
原理BEAST将分子钟模型和溯时（time-calibrated）系统发育包装入贝叶斯MCMC框架。核心假设：序列分歧度与采样时间间隔成正比——越早的样本累积越多突变。BEAST用MCMC同时采样树拓扑、替代速率、MRCA时间和群体动态参数...
分子钟
1962年Zuckerkandl与Pauling在比较不同物种的血红蛋白氨基酸序列时发现氨基酸替换数目与物种分化时间近乎线性相关，首次提出"分子钟"术语。2008年驰名科学界的慢病毒分子钟推算案例表明，HIV-1 M组最近共同祖先约在190...