系统发育树
Phylogenetic Tree
定义：
系统发育树（phylogenetic tree）是用分支图形式表示生物实体（物种、种群、病毒株）之间进化关系的一种可视化工具。树的末端（叶子）代表现存或已测序的样本，内部节点代表推测的共同祖先，分支长度通常表示遗传距离或时间尺度。在病毒溯源领域，系统发育树是推断传播路径、鉴定新变异株和追溯跨物种跳跃事件的最核心分析工具。
1837年达尔文在笔记中手绘了第一棵"生命之树"（Tree of Life）——仅一个分支示意图，却奠定了系统发育的核心理念：所有生物共享共同祖先。分子序列时代的系统发育树构建始于20世纪60年代，Zuckerkandl和Pauling提出"分子钟"假说后才真正可用于定量推断。SARS-CoV-2溯源中，Nextstrain平台将全球数百万条基因组实时映射到系统发育树上，使公众第一次直观地"看见"病毒的全球扩散轨迹。