Hippogryph(XBB.1)
一、关键突变
XBB.1 的刺突蛋白相对武汉参考株有 38 处氨基酸替换,另有 2 处缺失(del25/27、del144)。RBD(受体结合域,319 到 541 位)有 22 处突变位点,在当时的 Omicron 家族里属于最密集的一档。Pango 指定记录给 XBB.1 的定义突变组合是 S:N460K、S:F490S、S:F486S、S:G252V,加 ORF1a:G82D 和核苷酸标记 A19326G。
| 基因 | 突变 | 类型 | 功能影响 |
|---|---|---|---|
| S | G252V | 氨基酸替换 | XBB.1 相对亲本 XBB 唯一新增的刺突突变,位于 NTD 区,谱系标志性突变 |
| S | R346T | 氨基酸替换 | RBD 关键中和抗体表位,Omicron 汇聚进化热点之一 |
| S | N460K、F486S、F490S | 氨基酸替换 | XBB.1 定义突变组合,均位于 RBD,与免疫逃逸直接相关 |
| S | V445P、G446S、L368I | 氨基酸替换 | RBD 逃逸相关位点,削弱多类中和抗体结合 |
| ORF1a | G82D | 氨基酸替换 | 非结构蛋白区定义突变 |
| 基因组 | A19326G | 核苷酸替换 | 谱系定义用基因组标记 |
| S(RBD 合计) | G339H、R346T、L368I、S371F、S373P、S375F、T376A、D405N、R408S、K417N、N440K、V445P、G446S、N460K、S477N、T478K、E484A、F486S、F490S、Q498R、N501Y、Y505H | 22 处替换 | 相对武汉参考株的 RBD 突变全集,集中在 ACE2 结合面和抗体表位 |
二、命名由来
Pango 命名体系里,X 开头的谱系是重组谱系,按字母顺序编号,XA、XB、XC 一路排下来,XBB 就在这个序列里。它由 BA.2 的两个后代重组而来:BJ.1(BA.2.10.1)和 BM.1.1.1(BA.2.75 的后代),重组断点落在刺突基因的 RBD 编码区内。Nextstrain 把 XBB 家族归入分支 22F,XBB.1 也在 22F 下面。
XBB.1 是 XBB 第一个被正式指定的子谱系,点号后面的 1 就是这个意思。指定时用的定义突变组合是 S:N460K、S:F490S、S:F486S、S:G252V、ORF1a:G82D 和 A19326G。其中刺突层面相对 XBB 真正新增的只有 G252V,其余几个在亲本里已经存在。
绰号 Hippogryph(骏鹰,鹰头马身有翼兽)来自加拿大圭尔夫大学进化生物学家 T. Ryan Gregory。2022 年 10 月起,他在社交媒体上给 XBB 家族起了一串神话生物名字:XBB 叫 Gryphon(狮鹫),XBB.1 叫 Hippogryph,后来的 XBB.1.5 叫 Kraken(挪威海怪)。媒体跟进报道,这几个名字就成了通用称呼。名字就是这么来的。
三、特征解读
XBB.1 最核心的特征是免疫逃逸。Wang 等人在 Cell 的报告显示,接种三剂或四剂 mRNA 疫苗(包括 WA1/BA.5 双价加强针)的人群血清,对 XBB 和 XBB.1 的中和滴度下降 66 到 155 倍,远超此前见过的所有 Omicron 亚谱系。当时获授权的单克隆抗体对 XBB.1 基本全部失效。
Cao 等人的研究把 XBB 列为抗体逃逸最强的毒株之一,和 BQ.1.1.10、CH.1.1 同档。Tamura 等人说得更直接:XBB.1 是当时对 BA.2/BA.5 突破感染血清抗性最强的变异株。
它不只逃逸强。膜融合实验里,XBB.1 的 S 蛋白融合活性比 BA.2 高 2.2 倍,比 BA.2.75 高 1.5 倍。逃逸强、融合快,让它成了 2022 年四季度南亚和东南亚疫情波的主力。
它真正的历史地位在后代身上。XBB.1 加上 F486P 就是 XBB.1.5(Kraken),2023 年初成为全球优势株。说 XBB.1 是狮鹫家族的分水岭,不算夸张。
四、全球分布
XBB.1 最早序列采集于 2022 年 9 月 6 日,地点新加坡。指定提案(pango-designation #1088)记录,2022 年 10 月 3 日 GISAID 里已有 85 条 XBB.1 序列,分布在新加坡、孟加拉国、丹麦、英国、比利时、澳大利亚、奥地利 7 个国家。
历史检出(GISAID)
| 时间点 | 指标 | 数值 |
|---|---|---|
| 2022-10-03 | GISAID 中 XBB.1 序列 | 85 条,7 个国家 |
| 2022-10-25 | XBB 与 XBB.1 合计序列 | 1,453 条,35 个国家 |
| 2022 年第 37 周 | XBB* 全球占比 | 0.11% |
| 2022 年第 40 周 | XBB* 全球占比 | 1.29% |
上升速度很快,四周时间占比翻了十倍多。新加坡卫生部的回顾研究记载,XBB 谱系在当地引发一轮疫情,2022 年 10 月见顶。
现存序列(NCBI GenBank)
公共数据库里的存量不大。NCBI 截至 2026 年 8 月 28 日收录 129 条标注 XBB.1 的序列,采集时间集中在 2022 年 10 月到 2023 年 3 月。
| 地区/国家 | 序列数 | 占比 | 趋势 |
|---|---|---|---|
| 意大利 | 74 | 57.4% | 批量提交,采集集中在 2022 年底至 2023 年初 |
| 法国 | 41 | 31.8% | 机构集中提交,2022 年 10 月至 2023 年 3 月 |
| 喀麦隆 | 13 | 10.1% | 2023 年 2 月至 3 月检出 |
| 丹麦 | 1 | 0.8% | 零星记录 |
GenBank 的存量反映不了当时的真实流行规模。绝大多数 XBB.1 序列存在 GISAID 里,主体在东南亚和南亚。
五、传播力评估
相对增长优势
Tamura 等人的多国多分类逻辑回归模型估算,XBB.1 的有效再生数(Re)是同期 BA.5 的 1.26 倍,XBB 是 1.24 倍,与 BQ.1、BQ.1.1 相当。在印度、新加坡、印尼等国家,XBB 相关谱系的增长都很明显。
免疫逃逸能力
血清中和滴度下降 66 到 155 倍,前面说过。WHO 在 2023 年 1 月的 XBB.1.5 快速风险评估里白纸黑字写着:XBB.1 是当时免疫逃逸最强的 Omicron 亚谱系。WHO TAG-VE 还指出,XBB* 的再感染风险高于其他 Omicron 亚谱系,主要发生在奥密克戎时代之前感染过的人群。
临床严重性
没有证据显示 XBB.1 感染更重。WHO 的评估是 XBB* 感染在疾病严重程度上与其他 Omicron 亚谱系没有实质差异。动物实验里,XBB.1 在雄性仓鼠肺部的病毒滴度和致病性与 BA.2.75 相当甚至更低。新加坡 2022 年 10 月的 XBB 疫情波也没有伴随住院和重症的同步激增。真正要防的是它的传播规模和再感染,不是更重的病。
参考文献
- Wang Q, Iketani S, Li Z, et al. Alarming antibody evasion properties of rising SARS-CoV-2 BQ and XBB subvariants. Cell. 2023;186(2):279-286.e8. DOI: 10.1016/j.cell.2022.12.018
- Cao Y, Jian F, Wang J, et al. Imprinted SARS-CoV-2 humoral immunity induces convergent Omicron RBD evolution. Nature. 2023;614(7948):521-529. DOI: 10.1038/s41586-022-05644-7
- Tamura T, Ito J, Uriu K, et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants. Nat Commun. 2023;14(1):2800. DOI: 10.1038/s41467-023-38435-3
- Ito J, Suzuki R, Uriu K, et al. Convergent evolution of SARS-CoV-2 Omicron subvariants leading to the emergence of BQ.1.1 variant. Nat Commun. 2023;14(1):2671. DOI: 10.1038/s41467-023-38188-z
- Pung R, Kong XP, Cui L, et al. Severity of SARS-CoV-2 Omicron XBB subvariants in Singapore. Lancet Reg Health West Pac. 2023;37:100849. DOI: 10.1016/j.lanwpc.2023.100849
- Giancotti R, Lomoio U, Puccio B, et al. The Omicron XBB.1 variant and its descendants: genomic mutations, rapid dissemination and notable characteristics. Biology (Basel). 2024;13(2):90. DOI: 10.3390/biology13020090
- World Health Organization. TAG-VE statement on Omicron sublineages BQ.1 and XBB. 2022-10-27. WHO 声明原文
