C.1.2
1、关键突变
C.1.2 是 2021 年冒头的高突变谱系。跟亲本 C.1 比，它全基因组平均多约 30 个氨基酸替换，刺突蛋白平均多 13 个。测到过的刺突替换一共 28 个，其中 14 个（一半）此前在 VOC 或 VOI 里出现过。RBD 区（319–541）的谱系定义级突变共 4 个：N440K、Y449H、E484K、N501Y。
| 基因/区域 | 突变 | 类型 | 功能影响 |
|---|---|---|---|
| S（信号肽） | P9L | 氨基酸替换 | 预测提高刺突蛋白翻译效率 |
| S（NTD） | C136F | 氨基酸替换 | 破坏 N1 环内二硫键，改变 NTD 抗原性 |
| S（NTD） | Y144del、242-243del（或 243-244del） | 缺失 | N3、N5 环移位，改变 NTD 抗原性，类似 Alpha、Beta 的 NTD 缺失 |
| S（NTD） | R190S、D215G | 氨基酸替换 | D215G 与 Beta 共享，位于 NTD 抗原超位点区域 |
| S（RBD） | N440K、Y449H | 氨基酸替换 | 在 RBD 同一外侧面共定位，可逃逸部分 3 类中和抗体，未见于当时其他 VOC/VOI |
| S（RBD/RBM） | E484K | 氨基酸替换 | 降低多类中和抗体结合，免疫逃逸关键位点（Beta、Gamma 共享） |
| S（RBD/RBM） | N501Y | 氨基酸替换 | 提高与 ACE2 受体亲和力，与传播力增强相关（Alpha、Beta、Gamma 共享） |
| S（S1/S2 附近） | H655Y、N679K | 氨基酸替换 | 提高弗林蛋白酶切割效率，促进膜融合；N679K 与 P681H 互斥 |
| S（其他） | T716I、T859N | 氨基酸替换 | T859N 预测影响刺突稳定性，作用类似 D614G |
| ORF1ab、ORF3a、ORF9b、E、M、N | 多个位点 | 氨基酸替换 | 相对 C.1 额外累积，多数位点功能尚未解析 |
2、命名由来
命名按 Pango 规则。字母 C 是 B.1.1.1 的官方别名，后面每加一层点号数字，就多一个子谱系层级。C.1 的完整名是 B.1.1.1.1，C.1.2 的完整名是 B.1.1.1.1.2，意思是 C.1 之下第 2 个被单独命名的后代分支。
亲本 C.1 于 2020 年在南非首次发现，2021 年 1 月之后就没再检出。它刺突上只有 D614G 一个标志性突变。2021 年 3 月起，南非基因组监测网络 NGS-SA 在第三波疫情里重新看到一批 C.1 相关序列。它们跟莫桑比克演化出的 C.1.1 分支明显不同，突变量大得多，于是被单独划成新谱系 C.1.2。
跟亲本的区别一眼可见。C.1 的刺突很安静，C.1.2 的刺突平均带 13 个氨基酸替换，全基因组约 30 个，跟 Delta（平均 28 个）一个量级。
WHO 没有给它希腊字母标签。2021 年 9 月 1 日，WHO 把它列入需监测变异株（VUM），之后没有升级为 VOI 或 VOC。
3、特征解读
核心特征是一个词：趋同。C.1.2 的很多关键突变不是新面孔。E484K、N501Y 走的是 Beta、Gamma 的路子，H655Y、N679K 对应 Gamma 式的切割位点改造，NTD 缺失对应 Alpha、Beta 的抗原性改变。重组分析没找到证据，结论是趋同进化，大概率在某个长期感染者体内一次性攒出来。多数刺突突变同时出现这个细节，也支持单一慢性感染起源的假说。
进化速度也偏快。C.1.2 的分子钟估算速率约 3.04×10⁻³ 替换/位点/年，跟各 VOC 形成期的加速进化模式一致。谱系根部推回 2020 年 7 月中旬（95% 区间：2020 年 5 月至 10 月），比首例报告早了近一年。
值得关注，但没到拉警报的程度。体外中和实验里，它逃逸疫苗诱导抗体的能力跟 Beta、Delta 差不多，不强于它们。它始终没在南非乃至全球拿到像样的份额。跟 Beta 比，它缺 K417N 这个关键逃逸位点；跟 Delta 比，它没有 L452R、T478K、P681R 这套增长组合。Beta、Delta 康复者的血浆对它的中和滴度反而很高（GMT 分别为 1419 和 2814），这是它被压住的重要原因。
4、全球分布
截至 2021 年 9 月 10 日，GISAID 上有 166 条符合 C.1.2 定义的序列。9 月 22 日论文投稿时又多了 11 条，合计 177 条，覆盖 12 个国家。
| 地区 | 序列数 | 占比 | 趋势 |
|---|---|---|---|
| 南非 | 146 | 88.0% | 2021 年 5–8 月各省均有检出，峰值频率约 2%，8 月起回落 |
| 博茨瓦纳、中国、刚果（金）、斯威士兰、英格兰、毛里求斯、新西兰、葡萄牙、瑞士、津巴布韦 | 20（合计） | 12.0% | 散发输入为主，至少 12/20 例有旅行史 |
| 美国 | 2021 年 9 月下旬新增检出 | — | 输入性个案，计入投稿时的 11 条新增序列 |
后面的走势没有反转。2022 年 4 月论文正式发表时，C.1.2 依然没在南非或任何地方成为优势谱系。ECDC 现在的评估是：EU/EEA 内已不再检出，或只有极低水平检出，谱系已被降级（de-escalated）移出活跃监测名单。
5、传播力评估
相对增长优势
没有多少。南非数据里，C.1.2 的检出率在 2021 年 5 到 7 月小幅上升，8 月回落。整个窗口期它在各省的频率封顶在约 2%，跟 Beta、Delta 登场前的垂直上升不是一回事。论文结论直白：没观察到指数扩张。ECDC 按突变标志给了传播性"可能增强（m）"的标注，m 指基于突变推断，不是流行病学实测。
免疫逃逸能力
有，但可控。三种疫苗（AZD1222、Ad26.COV2.S、BNT162b2）接种者的血浆对 C.1.2 的中和滴度比 D614G 下降 3 到 12 倍。这跟 Beta（5 到 19 倍）、Delta（4 到 10 倍）同一区间，不比当时主流变异株更会逃。交叉保护更值得说：Beta 波康复者血浆对它 GMT 1419，Delta 波康复者 GMT 2814，都很高。论文推测共享的 E484K、N501Y 撑起了这份交叉免疫。ADCC（抗体依赖细胞毒性）在疫苗接种者和第一波康复者里明显下降，算一个留了尾巴的弱点。
临床严重性
没数据，也没有坏消息。ECDC 的标注是 No evidence。NICD 当时的判断是：部分免疫逃逸可能存在，但疫苗对住院和死亡的保护预期仍然很高。没有证据显示 C.1.2 感染更重或更容易住院。
参考文献
- Scheepers C, Everatt J, Amoako DG, Tegally H, Wibmer CK, Mnguni A, et al. Emergence and phenotypic characterization of the global SARS-CoV-2 C.1.2 lineage. Nature Communications. 2022;13(1):1976. DOI: 10.1038/s41467-022-29579-9
- Scheepers C, Everatt J, Amoako DG, Tegally H, Wibmer CK, et al. Emergence and phenotypic characterization of C.1.2, a globally detected lineage that rapidly accumulated mutations of concern. medRxiv. 2021. DOI: 10.1101/2021.08.20.21262342
- World Health Organization. Tracking SARS-CoV-2 variants. https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
- European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 28 August 2026. https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern
- National Institute for Communicable Diseases (NICD). Detection and frequency of the C.1.2 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. 2021. https://www.nicd.ac.za/detection-and-frequency-of-the-c-1-2-mutated-sars-cov-2-lineage-in-south-africa/