KQ.1
KQ.1 是 SARS-CoV-2 Omicron JN.1 的亚系（Pango: B.1.1.529.2.86.1.1.16.1），以 Spike R346T 突变为定义特征。2024 年上半年在北美和欧洲短暂流行，与 KP.2、KP.3、LB.1 形成多谱系共流行。WHO 将其列为监测中的变异株（VUM）。
关键突变
KQ.1 在 JN.1 基础上获得了 Spike 蛋白 R346T 突变，这是该谱系的定义性特征。R346 位于受体结合域（RBD）的受体结合基序（RBM）边缘，该位点在多种冠状病毒中保守。R346T 突变使病毒能够逃逸部分针对 RBD class 1 和 class 2 的中和抗体，同时保持与 ACE2 受体的结合能力。
| 基因 | 突变 | 类型 | 功能影响 |
|---|---|---|---|
| Spike | R346T | 错义 | KQ.1定义突变，逃逸部分中和抗体 |
| Spike | L455S | 错义 | RBD核心，逃逸RBD class 1中和抗体 |
| Spike | N460K | 错义 | RBD，影响部分中和抗体结合 |
| Spike | S477N | 错义 | RBD，增强ACE2亲和力 |
| Spike | Q493E | 错义 | RBD，改变ACE2界面静电相互作用 |
| Spike | Q498R | 错义 | RBD，稳定与ACE2的结合 |
命名由来
KQ.1 属于 JN.1 进化支，完整谱系名为 B.1.1.529.2.86.1.1.16.1。Pango 命名中"KQ"代表 JN.1.16 的子分支，".1"表示首个指定亚系。与 KP.2（同时携带 R346T 和 F456L）不同，KQ.1 仅获得 R346T 而未获得 F456L，这一差异使其在免疫逃逸谱上呈现独特模式。KQ.1 未获得 WHO 希腊字母命名。
特征解读
R346T 突变在 2024 年春夏的 JN.1 后代中多次独立出现，表明该位点受到强烈的免疫选择压力。KQ.1 保留了 JN.1 的完整 RBD 突变背景（包括 L455S），使其对 RBD class 1 中和抗体具有较强的逃逸能力。与 KP.2 相比，KQ.1 缺少 F456L 突变，导致其对某些中和抗体的逃逸能力略弱，但传播适应性可能更强。这种趋同进化现象提示 R346 位点在病毒免疫逃逸中的重要性。
全球分布
KQ.1 在 2024 年上半年主要在北美和欧洲传播，与 KP.2、KP.3、LB.1 形成多谱系共流行格局：
| 地区 | 主要流行谱系 | KQ.1 相对占比 | 趋势 |
|---|---|---|---|
| 美国 | KP.2/KP.3/KQ.1 | 夏季约 3–6% | 短暂上升后趋稳 |
| 加拿大 | KP.2/KP.3/KQ.1 | 夏季约 3–5% | 与 LB.1 接近 |
| 英国 | KP.2/KP.3/KQ.1 | 夏季约 2–4% | 短暂上升 |
秋季起，KQ.1 占比逐步被 KP.3.1.1 及重组体 XEC 取代。
传播力评估
KQ.1 的有效再生数（Re）高于 JN.1 但低于 KP.2，提示 R346T 突变提供了传播优势但弱于 R346T+F456L 组合。免疫逃逸方面，KQ.1 对 XBB.1.5 疫苗突破感染血清的中和抗体滴度较 JN.1 下降约 1.5–2 倍，略低于 KP.2 和 KP.3（下降约 2–3 倍）。临床严重性方面，暂无证据表明 KQ.1 导致比其他 JN.1 亚系更严重的疾病。WHO 将 KQ.1 列为监测中的变异株（VUM）。
参考文献
- Lambrou AS, Shirk P, Steele MK, et al. Genomic surveillance for SARS-CoV-2 variants: predominance of the JN.1 lineages — United States, spring–summer 2024. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2024;73(42). DOI: 10.15585/mmwr.mm7342a1
- WHO. Tracking SARS-CoV-2 variants. 2024. WHO Variants
- ECDC. SARS-CoV-2 variants of concern as of 26 June 2024. ECDC Variants