HyPhy选择压力分析——病毒适应性进化的dN/dS全谱检测流程

原理病毒蛋白编码基因在宿主免疫、抗病毒药物和跨种传播三重压力下发生适应性进化。鉴定哪些氨基酸位点受到了正选择（dN/dS > 1）还是净化选择（dN/dS < 1），是理解病毒溯源中关键分子事件的前提。HyPhy 在一个统一的系统发育框架下...

dN/dS 比值

dN/dS 比值dN/dS 比值是衡量蛋白质编码基因所受选择压力的核心参数，度量非同义替换率与同义替换率的相对大小。这一框架由 Miyata 和 Yasunaga 于 1980 年建立，他们首次将核苷酸替换区分为 KA（非同义）与...

磁珠法核酸提取——高通量病毒DNA/RNA共提取方案

原理磁珠法核酸提取的核心是硅羟基修饰的磁性纳米颗粒在离液盐（胍盐）条件下特异性结合核酸。病毒样本经裂解液（含高浓度胍盐+蛋白酶K）处理后，释放的核酸在高盐条件下与磁珠表面硅羟基形成氢键吸附。外加磁场固定磁珠，弃上清后经洗涤去除蛋白和盐，最后...

非同义突变

dN/dS比值是检测编码区自然选择压力的"金标准"。该框架最初由Miyata和Yasunaga（1980年）、Nei和Gojobori（1986年）等建立。在SARS-CoV-2中，S蛋白RBD区域的dN/dS在2021-2022年显著高于...

诺如病毒 GII.4 Sydney 2012