BLAST

Basic Local Alignment Search Tool
定义:

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的序列相似性搜索工具,于1990年首次发布。BLAST通过将查询序列与数据库中所有序列进行快速局部比对,返回统计学显著性排名(E-value)最高的匹配序列列表。在病毒学中,BLAST是鉴定新病毒或变异株最相似已知序列、确认跨物种传播和进行初步分类的首选工具。

BLAST诞生于1990年,由Altschul、Gish、Miller、Myers和Lipman联合开发,是计算生物学领域被引用最多的论文之一(超过10万次)。2020年1月初,中国科学家在收到不明原因肺炎病例的BALF样本后,正是通过BLAST比对发现其与SARS-CoV的核苷酸同源性约79%,与新发现的蝙蝠SARS相关冠状病毒约96%——该结果在24小时内触发了全球学术界对"一种新型冠状病毒"的初步判定。此案例也是基因组学辅助传染病预警的教科书级示范。