传播链
Transmission Chain
定义：
传播链是指从一个指示病例（index case）出发，沿感染-传播关系串联起来的连续病例序列。传播链可以通过流行病学调查和基因组测序双向重建——前者依赖时间、地点和接触史的吻合，后者依赖病毒基因组变异的共性和差异。完整的传播链重建是判断人传人（human-to-human transmission）是否发生、评估超级传播事件和制定针对性干预措施的基础。
传播链的概念在19世纪流行病学调查中逐渐成形，1854年John Snow对宽街水井霍乱的接触史追踪是传播链重建的经典案例。2020年1月，武汉金银潭医院黄朝林团队通过流行病学调查重建了最早的41例COVID-19聚集性传播链，为WHO宣布PHEIC提供了关键证据。基因组流行病学的兴起使传播链重建不再依赖被调查者的回忆——病毒序列上的SNP差异本身就是"分子传播链"。