BWA-MEM序列比对——病毒重测序数据比对到参考基因组
原理BWA-MEM采用BWT-FM索引将参考基因组压缩为可快速查询的后缀数组。比对算法分三阶段：种子链生成（SMEM seeding找到参考基因组中的最大精确匹配）、链内扩展（Salvador seeding在种子间做局部比对）、Smith...
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TempEst分子钟检验——病毒序列时间信号评估与异常检测
原理TempEst对导入的ML树做root-to-tip回归：以最古老序列为根，计算每个序列到根的遗传距离（替代/位点），然后线性回归遗传距离~采样日期。正的斜率=进化速率估值（替代/位点/年），R²>0.3通常视为足够时间信号支持分子钟分...
超额死亡
1662年伦敦商人John Graunt在《Natural and Political Observations upon the Bills of Mortality》中首次用死亡登记数据比较了瘟疫与非瘟疫年份的死亡人数波动——这是超额死...