全基因组测序
Whole Genome Sequencing
定义：
全基因组测序（WGS）是指测定一个生物体完整或近乎完整基因组序列的技术。在病毒学中，WGS通常指覆盖病毒基因组>95%的测序深度。完整的基因组序列是进行系统发育分析、变异谱鉴定和分子流行病学调查的最低要求。仅获得部分基因（如仅S基因或仅16S rRNA基因）的序列无法重建全基因组水平的进化关系。
1977年Sanger完成第一个全基因组测序——φX174噬菌体（5386 bp），奠定了现代基因组学的基础。SARS-CoV-2全基因组约29903 bp，是目前已知最大的RNA病毒基因组之一（仅次于冠状病毒科）。在COVID-19大流行中，"Cq值<30>95%"成为全基因组提交到GISAID的质量标准，低于该标准的低覆盖度序列被标记为"Poor"，不能用于可靠的系统发育和谱系定义——这是WGS质量标准在大规模基因组监测中的首次制度化实践。