minimap2长读长序列比对——病毒三代测序数据的通用比对引擎
原理三代测序（Nanopore、PacBio）读长轻松超过10 kb，但这东西的错误率曾经高达~15%。传统短读长比对工具（比如BWA-MEM）碰到这种又长又吵的数据，要么跑不动，要么结果一塌糊涂。minimap2就是为这个场景设计的——它...
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MAFFT多序列比对——病毒基因组系统发育分析的预处理基石
原理多序列比对（MSA）是病毒系统发育分析的第一步。把一堆长短不一、方向各异的病毒基因组序列，按位点一一对齐——这件事做不好，后面的建树、分子钟定年、祖先状态重建全都会跑偏。MAFFT（Multiple Alignment using Fa...
BWA-MEM序列比对——病毒重测序数据比对到参考基因组
原理BWA-MEM采用BWT-FM索引将参考基因组压缩为可快速查询的后缀数组。比对算法分三阶段：种子链生成（SMEM seeding找到参考基因组中的最大精确匹配）、链内扩展（Salvador seeding在种子间做局部比对）、Smith...
序列比对
Needleman-Wunsch算法（1970年）首次将动态规划引入序列比对，将比对问题转化为最优路径搜索。1981年Smith-Waterman对其进行局部化改造，使比对可以聚焦于序列间最相似的片段。在SARS-CoV-2全球基因组监测中...