BWA-MEM序列比对——病毒重测序数据比对到参考基因组
原理BWA-MEM采用BWT-FM索引将参考基因组压缩为可快速查询的后缀数组。比对算法分三阶段：种子链生成（SMEM seeding找到参考基因组中的最大精确匹配）、链内扩展（Salvador seeding在种子间做局部比对）、Smith...
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序列比对
Needleman-Wunsch算法（1970年）首次将动态规划引入序列比对，将比对问题转化为最优路径搜索。1981年Smith-Waterman对其进行局部化改造，使比对可以聚焦于序列间最相似的片段。在SARS-CoV-2全球基因组监测中...