PhyML最大似然建树——aLRT分支支持度快速检验
原理PhyML采用同时优化树拓扑和分支长度的JTT（Jones-Taylor-Thornton）或替代矩阵。独特的NNI+SPR混合搜索策略：先做快速NNI（Nearest Neighbor Interchange）达到局部最优，再做SPR...
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RAxML-NG最大似然系统发育——多核CPU/GPU加速方案
原理RAxML-NG是经典的RAxML重写版，专为大规模系统发育推断优化。核心算法采用Lazy Subtree Rearrangement——SPR（Subtree Pruning and Regrafting）搜索树拓扑时不完全重新评估似...
最大似然法
1981年Felsenstein发表了系统发育ML法的奠基性论文，使进化树构建从直观推断（heuristic）发展为严格的统计推断。该方法的计算强度曾是其瓶颈——一棵100条序列的树存在约10¹⁸⁰种可能的拓扑结构。现代IQ-TREE和RA...