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Kraken2宏基因组分类——临床样本病原快速鉴定流程

分析方法论 ·

原理Kraken2将参考基因组数据库中的每个k-mer(默认k=35)映射到包含它的最低分类节点(LCA节点),构建k-mer→TaxID哈希表。查询时将reads连续k-mer与哈希表匹配,每条read根据命中k-mer集合的LCA推断分...

Kraken(XBB.1.5)

新冠病毒-SARS-CoV-2 ·

XBB.1.5通过F486P突变同时恢复了免疫逃逸和ACE2亲和力,2023年成为全球主导变异株。