MAFFT多序列比对——病毒基因组系统发育分析的预处理基石
原理多序列比对（MSA）是病毒系统发育分析的第一步。把一堆长短不一、方向各异的病毒基因组序列，按位点一一对齐——这件事做不好，后面的建树、分子钟定年、祖先状态重建全都会跑偏。MAFFT（Multiple Alignment using Fa...
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最大似然法系统发育树构建——IQ-TREE 完整流程
原理最大似然法（ML）是病毒溯源中最核心的系统发育推断方法。核心逻辑是在给定序列比对和进化模型的前提下，搜索使观测数据出现概率最大的树拓扑。与传统邻接法相比，ML对多重替代的统计校正更充分，不易受长枝吸引效应影响。在SARS-CoV-2早期...