最大似然法系统发育树构建——IQ-TREE 完整流程
原理最大似然法（ML）是病毒溯源中最核心的系统发育推断方法。核心逻辑是在给定序列比对和进化模型的前提下，搜索使观测数据出现概率最大的树拓扑。与传统邻接法相比，ML对多重替代的统计校正更充分，不易受长枝吸引效应影响。在SARS-CoV-2早期...
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最大似然法
1981年Felsenstein发表了系统发育ML法的奠基性论文，使进化树构建从直观推断（heuristic）发展为严格的统计推断。该方法的计算强度曾是其瓶颈——一棵100条序列的树存在约10¹⁸⁰种可能的拓扑结构。现代IQ-TREE和RA...